Тем не менее, и от Обольянинова доставалось Сперанскому, когда он попадал тому под горячую руку. Однажды Михаил Михайлович жаловался своему товарищу: «Что такое? Помилуйте, хоть сейчас броситься в пруд. Работаю день и ночь, а от Петра Хрисанфовича слышу одни ругательства: сейчас еще, Бог знает за что, разбранил меня в пух и обещал запрятать в казематы на семь сажен под землею. Этого вынести нельзя!»

Но топиться Сперанскому не пришлось. Гнев начальника прошел быстро, и он все так же пользовался его благосклонностью. Более того, генерал-прокурор выхлопотал ему награду — орден Святого Иоанна Иерусалимского, 2000 душ крепостных, отобранных за допущенные провинности у помещиков в Саратовской губернии, и чин статского советника.

Сам Сперанский так отзывался о своей службе в канцелярии генерал-прокурора: «При всех четырех генерал-прокурорах, различных в характерах, нравах, способностях, был я, если не по имени, то по самой вещи, правителем их канцелярии. Одному надобно было угождать так, другому иначе; для одного достаточно было исправности в делах, для другого более того требовалось: быть в пудре, в мундире, при шпаге, и я был всяческая во всем».

В ноябре 1798 года Михаил Михайлович женился на дочери английского подданного Елизавете Андреевне. От этого брака в сентябре 1799 года родилась дочь, Елизавета. Вскоре после родов его жена умерла.

После убийства Павла I и отставки генерал-прокурора П. X. Обольянинова Сперанский вынужден был покинуть прокуратуру и уйти в тень. Он стал служить при тайном советнике Д. П. Трощинском в звании статс-секретаря. Но уже 23 апреля 1801 года Сперанский возглавил третью экспедицию Непременного совета, занимавшуюся гражданскими и духовными делами, и вскоре получил высокий чин — действительного статского советника. В последующие несколько лет Михаил Михайлович состоял при Министерстве внутренних дел в качестве директора департамента, затем начальника второй экспедиции. Ему приходилось иногда даже замещать министра В. П. Кочубея на докладах у императора. Сперанский составил несколько записок на имя монарха об устройстве судебных и правительственных учреждений в России (1803 год).

В январе 1803 года труды его были оценены и в награду ему была «пожалована» бриллиантовая табакерка с вензелем Его Императорского Величества. В ноябре следующего года он получил аренду (на 12 лет) мызы Аагоф в Венденском уезде Лифляндской губернии с доходом 12 тысяч рублей в год. В ноябре 1807 года Сперанский был назначен членом Комитета об усовершенствовании духовных училищ. Тогда же он сопровождал императора Александра I в Витебск для осмотра первой армии, а в 1808 году — участвовал в свидании государя с Наполеоном. За эти годы добавились награды: ордена Святого Владимира 3-й степени и Святой Анны 1-й степени.

И все же подлинный взлет Михаила Михайловича Сперанского начался только в августе 1808 года — он произведен в чин тайного советника, назначен членом Комиссии составления законов, а в декабре того же года — товарищем министра юстиции, который тогда одновременно был и генерал-прокурором Российской Империи. В связи с этим назначением император дал следующий рескрипт на имя министра юстиции князя П. В. Лопухина от 16 декабря 1808 года: «Желая сколь можно ускорить совершением возложенных на Комиссию составления законов трудов, Я поручаю вам, особенно и исключительно от всех прочих дел, к производству Правительствующего Сената и Департамента Министерства Юстиции принадлежащих, употребить по сей части Действительного Статского Советника Сперанского. По делам сей комиссии, усмотрению Моему подлежащему, имеет он Мне докладывать». Таким образом, Сперанский получил, фактически, все права председателя Комиссии составления законов. Только он мог входить к государю с докладами о ходе подготовке законов, о работе Комиссии и т. д. К этим обязанностям вскоре добавились новые — канцлера Абовского университета и члена Главного правления училищ.