По этому плану патриарх Никон повелел возвести в Воскресенском монастыре храм, подобный иерусалимскому, но больше и величественнее, чтобы такой церкви в России и окрестных государствах не обреталось. Ибо Иерусалимский храм от турецких притеснений во многом был испорчен и разорен, а также иными неправославными верами опоганен. Он не мог отныне служить главной святыней правоверным — такая святыня созидалась по воле Никона в Российском государстве.

Как Россия являлась Новым Израилем, землей обетованной, надеждой мира, так Новый Иерусалим, по мысли патриарха, должен был стать духовным центром мирового православия. Русские, греки, сербы, болгары, православные выходцы из Речи Посполитой и с Кавказа, представители всех стран и народов собирались Никоном под сень Воскресенского монастыря. Строительство грандиозного храма должно было стать делом всенародным, Новый Иерусалим — богатейшей обителью в России и всем православном мире. В то же время Никон не забывал, что Воскресенский монастырь, вместе с Крестным и Иверским, является его личным владением, как бы островом духовной власти в Российском царстве. Для укрепления экономической мощи этого острова патриарх приписал к нему еще четырнадцать монастырей и пустыней разных епархий вместе с их землями, угодьями, крестьянами и казной; сюда же были отданы земли и крестьяне закрытой Никоном Коломенской епархии, доходы с пятидесяти приходских церквей. В Москве патриарх пожертвовал Воскресенскому монастырю бесприходную церковь Вознесения на Панех с принадлежавшими ей землей и лавками, которые обеспечивали московское подворье новой обители. Не жалея денег, покупал Никон новые земли с крестьянами, округляя владения своего личного удела.

В патриаршем уделе господствовала монастырская власть и монастырский суд, подотчетные только Никону. Он проверял счета и руководил хозяйством, набирал иноков, посвящал в дьяконы, иеромонахи и архимандриты, ставил в церкви священников и весь причт, распределял налоги на крестьян, творил суд и расправу, распоряжался доходами. Не только в своем уделе — на всех патриарших землях Никон взял в свои руки суд, отрицая право судить духовных лиц в Монастырском приказе. Его светские чиновники ставились и в делах епархиального управления над духовенством, всюду осуществляя волю архипастыря.

Не только в своем уделе — во всей России, с гордостью думал Никон, он был тогда великим государем. Это сказка, будто царь Алексей Михайлович придумал имя Новый Иерусалим — Воскресенский монастырь и храм были задуманы патриархом, ловко подключившим самодержца к своим планам. Так же было и с титулом великого государя святейшего патриарха Московского и всея Руси — царь лишь спустя два года по утверждении Никона на престоле стал называть его так, как давно начали называть настоятели монастырей, архиереи, Земский собор. Приписывая царю свои мысли, Никон старался польстить самолюбию самодержца, власть которого все более сосредоточивал в своих руках.

Без его совета царь не предпринимал ни одного важного шага. Богдан Хмельницкий был именно ему более всех благодарен за вооружение россиян на помощь Украине. На земском соборе 1653 г. патриарх настаивал на принятии Украины в российское подданство и объявлении войны Речи Посполитой за православную веру христианскую. Провожая на войну воевод, Никон чествовал их особо торжественным молебном в Успенском соборе, а затем говорил речь проходящим под стенами Кремля войскам и кропил их святой водой.

По патриаршему совету Алексей Михайлович сам возглавил российскую армию, которая во многом благодаря этому успешно продвигалась на запад; Никон споспешествовал и вступлению России в войну со Швецией. Обеспечение военных действий патриарх считал столь же своим, сколь и царским делом. Из своих средств он жертвовал на армию немалые суммы, с монастырей и архиереев собирал для войска хлеб и подводы, организовал производство пищалей, боевых топоров и бердышей, снаряжал воинов, отправляя их на важнейшие театры военных действий.