Затем Никон садился в кресло и благословлял пришедшего, который вновь кланялся до земли. Стоя перед патриархом, бояре, имевшие право сидеть даже в присутствии царя, докладывали ему все текущие дела и получали от Никона необходимые распоряжения. По окончании приема духовный владыка вновь обращался к иконам и читал молитву, затем благословлял и отпускал посетителя. Даже тогда, когда царь уезжал из Москвы и оставлял вместо себя боярина–наместника, наблюдателем над всеми делами был Никон; ни одно важное или незначительное дело Боярской думы не решалось иначе, как с его совета после доклада приказного судьи или дьяка, дожидавшихся этой возможности каждое утро.

Никон видел, каких усилий стоит боярам, привыкшим свободно держать себя с царем, это показное смирение, и намеренно унижал их, стремясь вытравить из первых лиц государства греховную гордыню. Патриарха не зря боялись больше, чем царя, — он не забывал обид и не прощал малейшего неповиновения. Да и как было не трепетать перед человеком, который мог заявить, что «ему и царская помощь негодна и не надобна, я на нее плюю и сморкаю!». Не только Никона, но и посланников его страшились больше, чем царских. Величие патриарха казалось неоспоримым.

Круто установил Никон свою власть среди архиереев Русской церкви. Он добился, чтобы практически все высшие иерархи были его ставленниками, но обращался с ними крайне сурово, не как с братией, но как со своими холопами. Воспитание уважения и трепета перед патриаршим саном начиналось на крыльце его дворца, где митрополиты и архиепископы, архимандриты и игумены, невзирая на погоду, по два и три часа дожидались аудиенции. Никон не считал нужным их выслушивать — он, не стесняясь в выражениях, делал разносы и давал указания, обязательные для исполнения.

Не только русские, но и приезжие архиереи не могли считать себя в безопасности от гнева Никона. Так, он запретил Сербскому архиепископу Гавриилу именоваться патриархом (как это делалось по старой традиции), кричал на него, а когда тот поехал из Москвы домой, допустил, чтобы сей архиерей был избит патриаршими крестьянами. Русские же архиереи поставлялись в сан не иначе, как дав обещание ни единого дела не решать без патриаршего ведома, под угрозой «лишения без всякого слова всего священного сана».

«Отец отцов», «крайний святитель» вводил систему жесткого подчинения, ибо не доверял способностям и честности своих ставленников. Российские архиереи, считал он, были виновны в тяжком положении Церкви, до вмешательства Никона низкопоклонно прислуживавшей властям. Нет, думал патриарх, иерархи должны единодушно слушаться и беспрекословно немедленно повиноваться только высшей духовной власти. Сколько ни бейся с ними — один стар и глуп, другой вообще не ведает, почему он человек, а не бессловесная скотина. Только под железной рукой они могут стать полезными членами церковного организма, орудием духовной власти. Лишь боясь патриарха более всего, архиереи будут блюсти свое священническое достоинство, не кланяясь и не ища чести у царя и князей.

До низшей братии, монахов и простых священников у занятого государственными делами Никона почти не доходили руки. Помня, как он сам, не имея денег, умолял принять его в Кожеозерскую пустынь, патриарх отменил вклады в подчиненных ему монастырях. Попы теперь не должны были платить прежние пошлины за рукоположение, зато желающие занять приход обязаны были приезжать для этого в Москву . Никон не допускал никаких поблажек нищей поповской братии, делавшихся прежними патриархами, разрешавшими таким попам ночевать в своей хлебне и дожидаться приема в теплых сенях. Служители Никона безжалостно гнали этих оборванцев с крыльца и запирали перед ними ворота патриаршего двора. Люди, пришедшие в Москву за многие сотни и даже тысячи верст, должны были трепетать перед величием архипастыря.