Никогда Никон и сам не жадничал в оплате труда бедняков. «Наймом бы тебе, Бога ради, работников не оскорблять, — указывал он, например, иверскому настоятелю. — А если денег не хватит — и тебе бы за деньгами прислать к нам к Москве. А рыбные ловли отдать (в аренду. — А. Б.) как можно, чтобы и крестьянам не скорбно было». «А однолично бы вам плотникам давать наем по нашему указу сполна, без убавки, — требовал патриарх в другом послании, — чтобы плотников от дела не отгонять и монастырского строения не остановить». Так же и крестьянам Никон требовал платить за работу по достоинству, в голодные годы приказывал сокращать оброк на тысячу рублей, засчитывать монастырские работы льготно сразу в три тысячи рублей оброка, не брать продовольствия у пострадавших от наводнения и т. п. «А будет, волею Божиею, — завещал патриарх на будущее, — которого года учинится у них, крестьян, хлебный недород или водное потопление — и вам бы по тому ж делать, бояся Бога, по рассмотрению».

Строительство полностью самостоятельного, не подчиняющегося никому, кроме Никона, не приписанного даже к патриаршей кафедре Иверского монастыря завершилось открытием в нем типографии. В противовес монополии государева Печатного двора, Иверская печатня начала большими тиражами издавать церковнослужебную литературу, ориентируясь на читательский спрос, планируя экономический эффект. Даже потеряв московскую патриаршую кафедру, Никон имел возможность издавать здесь книги по своему вкусу и убеждениям, продолжая, несмотря на недовольство столичного правительства, именовать себя в этих книгах святейшим патриархом.

Иверский монастырь был задуман не только как база власти Никона, опора его влияния в стране, но как символ единения русского, украинского и греческого православия. На это указывали собранные в нем святыни, об этом говорил и состав братии, куда Никон пригласил с православного Востока греческих монахов, из Киева — ученых книжников и музыкантов, соединив их с россиянами. Однако это был лишь первый, пробный шаг Московского патриарха. Убедившись в его успешном осуществлении, Никон задумал соорудить в России обитель, которая стала бы мировым центром православия.

Среди сел, купленных патриархом в Иверский монастырь, было и село Воскресенское, расположенное недалеко от Москвы. Никон приобрел его у дворянина Романа Бобарыкина, с которым потом поссорился и отлучил от Церкви. Часто приезжая в Воскресенское наблюдать за хозяйственной деятельностью, патриарх однажды подумал, что там неплохо было бы построить монастырь, чтобы жить в кельях, а не в крестьянских домах. За мыслью вскоре последовало дело: плотники застучали топорами в окрестных лесах, близ реки Истры поднимались к небу маковки монастырской церкви и росли кельи монахов. На освящение храма Никон пригласил богобоязненного царя Алексея Михайловича.

Сильно возлюбил царь место сие, сияющее красотой, яко земной рай. Немного отъехав, написал Алексей Михайлович Никону с обратной дороги в Москву, что сам Бог благоволил предназначить это место к созданию монастыря, «понеже прекрасно, подобно Иерусалиму». Как святыню, спрятал патриарх царское послание в серебряный ковчег и велел вечно хранить в алтаре монастырского храма. Сам же монастырь, почитая царскую волю, назвал Воскресенским Новым Иерусалимом. И не просто назвал, но послал старца Арсения Суханова, искушенного в греческом и восточных языках, в старый Иерусалим сделать план тамошней великой церкви Светлого Воскресения, созданной благоверной и христолюбивой императрицей Еленой, матерью императора Константина, над Голгофой и иными великими святынями.