Непосредственно участвовал патриарх в определении главных направлений наступления русско–украинских войск. Он советовал государю сосредоточить силы на минском и виленском направлениях, развивать наступление на Варшаву и Краков, направить экспедиционный корпус на Стокгольм. Никон подталкивал полководцев к активным военным действиям, вел переписку с воеводами, слушавшимися его не меньше, чем самого царя. «Никон, Божиею милостию великий господин и государь», — писал он к иноземным владыкам и духовным лицам, обеспечивая международные интересы России.

В те годы, когда царь Алексей Михайлович отлучался из Москвы в действующую армию, патриарх реально заменял его на посту главы государства. Он требовал к докладу бояр и приказных дьяков, лично вникал в делопроизводство центральных учреждений и посылал в них указы, вершил суд и расправу. Никон был главным хранителем царской семьи, которую дважды спас от гибели во время страшных эпидемий, охвативших Москву и многие другие города страны. Он прокладывал новые дороги в объезд зараженных местностей, устраивал заставы и карантины, организовывал дезинфекцию — словом, делал все, чтобы остановить распространение моровой язвы.

Одержав обещанные Никоном победы над польско–литовскими и шведскими войсками, взяв множество городов, несказанно радуясь нечаянному уже спасению своей семьи от эпидемии, уничтожившей почти все население Москвы, царь Алексей Михайлович слезно благодарил Бога и воздавал патриарху великой любовью, почитая Никона как ангела Божия и хранителя его дома. Самодержец видел в патриархе как бы второе «я», второго великого государя, надежного соправителя.

Никон с полным правом заявлял в предисловии к «Служебнику» 1655 года, что Бог даровал России два великих дара — царя и патриарха, которыми строится Церковь и государство.

«Следует всем православным народам восхвалить и прославить Бога, яко избрал в начальство и помощь людям сию премудрую двоицу: великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха, которые праведно преданные им грады украшают и суд праведный творят, всем сущим под ними так же творить повелевая. Тем же благословен Бог, в Троице святой славимый, таких великих государей в начальство людям своим избравший! Да даст им, государям, по пророку, желание сердец их, чтобы под единым их государским повелением все повсюду живущие православные народы утешительными песнями славили воздвигшего их истинного Бога нашего!»

Перед новыми огромными каменными палатами воздвигнутого Никоном патриаршего дворца с утра было многолюдно. Толпы священников, ждущих поставления, сновали среди карет и саней знатнейших бояр, полководцев и приказных чинов. Никон решительно отменил старый обычай, когда к патриарху можно было зайти запросто, даже без доклада. Теперь после утреннего совещания в Боярской думе, услышав звон колокола, возвещавшего об окончании очередной патриаршей службы, виднейшие сановники государства в любое время года и в любую погоду толпились у запертых дверей его дворца, терпеливо дожидаясь, пока владыка не повелит своим служителям впустить посетителей.

Иноземные духовные лица тем временем проходили мимо ожидавших бояр и думных дворян, неторопливо беседовали с Никоном и выходили от него, видя все те же сосредоточенные на предстоящем деле лица. Наконец служитель выходил из патриарших палат и приглашал того или иного сановника к докладу. Со страхом и робостью проникал боярин в хоромы Никона, сняв шапку и сгибаясь в земном поклоне. Патриарх не оборачивался к вошедшему прежде, чем кончит читать про себя «Достойно есть», возведя очи к иконам в красном углу.