Шакловитый думал о ликвидации Петра и его матери, видя в них основное препятствие власти своей возлюбленной царевны Софьи. Он изучал возможности такого покушения, доверившись в этом группе ближайших помощников из стрелецкой верхушки. Те, в свою очередь, обратились за советом и благословением к Медведеву. Согласно материалам следствия, Сильвестр настойчиво просил Шакловитого отказаться от его замыслов и своим авторитетом запретил стрелецким начальникам даже думать о покушении, указав им, что террор всегда влечет за собой новые зверства.

«Надобно перетерпеть», — говорил ученый старец, хотя сам не тешился надеждами на милость тех, кто стоял за спиной юного Петра Алексеевича. Он знал, что «перетерпя де, опричь худа им, которые были на стороне… царевны, ждать нечего», но не мог оправдать расправы над своими противниками .

Подход Сильвестра к способам решения любых разногласий в корне отличался от методов «мудроборцев». Силе и власти Медведев противопоставил разум и убеждение. В пылу богословских споров ученый не позволял себе личных выпадов, оскорблений и тем более клеветы на оппонента, как это было принято даже в верхах Церкви. В ту пору высшие иерархи (как, впрочем, и государи) позволяли себе ругань, заявляя, например, что «патриарх мало и грамоте умеет… ничего не знает, непостоянен, трус… а поучение станет читать, только гноит, и слушать нечего!». Это говорил об Иоакиме его ближайший помощник, митрополит Иосиф Коломенский.

В то же время гонимый Сильвестр отзывался об Иоакиме, что «он де, святейший, человек бодрой и доброй», только «учился мало и речей богословских не знает», и потому «напрасно де смутили душу святейшего патриарха греки». «Мудроборцы» называли Медведева «диким и лесным медведем», говорили, что он скудоумен, «понеже неучен есть, непричастен есть грамматики, пиитики, риторики, и не может глаголати ниже еллински, ниже латински, ниже славенски; …непричастен сый всех языков и писаний учения!» А этот «дикий» Медведев в самый разгар полемики писал, что Лихуды «учены — правда и истина велика».

Велика была и стойкость этого внешне смиренного человека. Сильвестра пытали вдвое больше, чем главу Стрелецкого приказа Шакловитого и его приближенных — военных людей. Шакловитый признал под пыткой самые нелепые обвинения; многие из истязуемых оговаривали себя и других. Медведев доказал необоснованность всех выдвинутых против него обвинении. Многоопытные заплечных дел мастера и боярская розыскная комиссия не смогли доказательно мотивировать вынесенный Сильвестру смертный приговор.

«Мудроборцы» расправились со своим противником, но он еще нужен был живой, чтобы во всеуслышание разгласить об «отречении» сторонника просвещения как «латинствующего еретика». Уподобившись, по словам приближенных, «самому незлобивому Христу Богу», патриарх Иоаким приказал держать Сильвестра в заточении в самых жестоких условиях, в «яковых можно пребывати», запретил говорить с ним кому бы то ни было, повелел «бумаги и чернил отнюдь не давати» .

Более года 50–летний ученый провел в узилище. Однако разум, как это обычно бывает, страшил власти и в темнице. Истерзанный «огнем и бичьми до крове пролития» Сильвестр продолжал оставаться опаснейшим врагом патриарха; его сторонников отлучали от Церкви, против него писались толстенные «обличительные» книги, заступавшуюся за него «чернь» казнили. «Немые учители у дыб стоят в Константиновской башне, — говорили на Москве, — вместо Евангелия огнем просвещают, вместо Апостола кнутом учат» .

Заслужившие недоверие народа духовные «учителя» могли его лишь «страхом единым в покорении имети».