При этом Особый отдел НКВД (ответственный за контрразведку в армии) был разделен на отдел сухопутных войск и ВМФ. Одновременно Особый отдел ГУГБ НКВД был расформирован, а вместо него были созданы Третьи управления Наркомата обороны и Наркомата Военно-морского флота, а также 3-й отдел НКВД (по оперативной работе в войсках НКВД).

Проведенная реорганизация создавала более благоприятные условия для работы оперативных подразделений органов государственной безопасности, поскольку они освобождались от выполнения многих функций, прямо не связанных с обеспечением самой государственной безопасности.

Органы государственной безопасности были сосредоточены на борьбе с деятельностью немецкой разведки, на выявлении и ликвидации агентов противника в тыловых районах СССР, на ведении разведки и диверсиях в тылу противника. НКВД подчинялись войска по охране тыла.

Для улучшения разведывательной работы за границей в УНКВД по Хабаровскому краю, Архангельской, Брестской, Ленинградской, Львовской и Читинской областям создавались разведывательные подразделения.

Однако дальнейшая реорганизация органов госбезопасности была прервана начавшейся агрессией фашистской Германии.

Ленинград и область ощущали дыхание войны. Только что, в марте 1940 года, закончилась война с Финляндией, но уже в апреле гитлеровские армии захватили Данию и Норвегию. После поражения Франции Германия ввела свои войска в Финляндию. Накануне войны, в марте 1941 года, в УНКВД был создан 1-й (разведывательный) отдел, заместителем начальника которого стал Сахаровский. Руководителем разведывательного отдела был назначен Леонид Иванович Кожевников — достаточно молодой (он родился в 1904 году), но уже опытный чекист. Он работал с Сахаровским с первых дней службы последнего в Водном отделе Транспортного управления УНКВД, высоко оценивал его возможности и предложил место своего заместителя.

Отдел занимался подготовкой разведывательно-диверсионных групп для заброски в тылы противника и операциями по ликвидации немецких парашютистов и других диверсантов.

Блокада Ленинграда

22 июня 1941 года фашистская Германия без объявления войны напала на Советский Союз. В этот день Ленинград официально стал фронтовым городом.

В суровые годы Великой Отечественной войны работа советских органов государственной безопасности была всецело подчинена борьбе с фашистской Германией и ее союзниками. Советские чекисты сумели в кратчайшие сроки перестроиться в соответствии с требованиями военного времени, сохранить ценные наработки предвоенного периода и наладить надежную связь с агентурой и другими оперативными помощниками.

После начала Великой Отечественной войны НКВД и НКГБ были возвращены в структуру единого наркомата — НКВД. Наркомом внутренних дел СССР остался Берия, а бывший нарком госбезопасности СССР Меркулов был назначен его первым заместителем.

30 июня 1941 года «ввиду создавшегося чрезвычайного положения и в целях быстрой мобилизации всех сил народов СССР для проведения отпора врагу, напавшему на нашу Родину», постановлением Президиума Верховного Совета СССР, Совета народных комиссаров СССР и Центрального комитета ВКП(б) был создан Государственный Комитет Обороны (ГКО) в составе: И. В. Сталин (председатель), В. М. Молотов (заместитель председателя), К. Е. Ворошилов, Г. М. Маленков и Л. П. Берия (члены ГКО).

Этим же постановлением предписывалось сосредоточить в руках ГКО всю полноту власти в государстве, а всех граждан и все партийные, советские, комсомольские и военные организации обязать беспрекословно выполнять его решения и распоряжения. Постановления ГКО имели силу законов военного времени.