Получив чин мичмана, Петр Шмидт был направлен на Балтийский флот.

В 1888 году он женится на проститутке Доминике Павловой, заявив родным и коллегам, что будет её перевоспитывать. Увы, семейная жизнь не удалась. Жена открыто изменяла Шмидту и вскоре, оставив супругу малолетнего сына, вернулась к прежней профессии.

Брак с обладательницей «желтого билета» для морского офицера был тогда поступком чудовищным. Не пережив позора, скончался отец Шмидта. Брат сменил фамилию. А сослуживцы потребовали от эпатажного мичмана немедленного увольнения. Но опять вмешался дядя–адмирал и перевел племянника на Тихий океан, под опеку контр–адмирала Г. П. Чухнина.

Однако и здесь служба не заладилась. Шмидт кочевал с корабля на корабль, везде отвергаемый офицерскими коллективами. Только благодаря заботам Чухнина он удерживался на службе и даже получил чин лейтенанта. Однако после очередного нервного припадка, потребовавшего госпитализации в клинике, Шмидт был уволен с флота.

Стараниями доброго дядюшки следующие несколько лет Петр провел в Русском обществе пароходства и торговли и даже сделал карьеру. В начале нового века его стали назначать капитаном торговых судов, совершавших дальние океанские рейсы.

Но тут началась русско–японская война и лейтенант был назначен старшим офицером корабля на военный транспорт «Иртыш», входящий в состав 2‑й Тихоокеанской эскадры адмирала З. П. Рожественского. Правда, до Тихого океана, где в Цусимском проливе эскадру ждали японцы, Шмидт не дошел. Ставший к этому времени сенатором, дядя помог Шмидту во время стоянки в Суэце списаться с корабля по болезни, вернуться в Россию и получить назначение на Черноморский флот

Командующий флотом вице–адмирал Чухнин снова принял участие в судьбе болезненного и неуживчивого офицера и назначил Шмидта командиром отряда из двух устаревших миноносцев. Место тихое, должность необременительная, казалось бы, живи и радуйся. Но неожиданно похитив отрядную кассу, в которой было всего две с половиной тысячи золотых рублей, Шмидт пустился в бега, а когда деньги закончились, сдался властям. На следствии он пытался доказать, что деньги потерял или их у него украли, а в бега он подался, опасаясь неприятностей. Дезертирство в военное время — это уже не проступок, а преступление. Дяде пришлось изрядно постараться, чтобы спасти племянника от суда и каторги.

Уволенный с флота Шмидт решил заняться модной тогда политикой. Возможно, такое решение ему «помогли» принять. У революционеров, готовивших восстание в Севастополе, не было поддержки среди флотских офицеров, а выступления нервного и эксцентричного Шмидта на митингах пользовались такой популярностью, что Петра даже арестовали, а потом под давлением массовых выступлений в защиту «пламенного борца за свободу простого народа» отпустили, взяв подписку о немедленно выезде из Севастополя. Выполнять взятое на себя обязательство Шмидт не стал. Напротив, вняв призыву матросов, он 14 ноября 1905 года объявился на восставшем крейсере «Очаков» и призвал эскадру присоединиться к мятежному крейсеру.

Шмидт самовольно надел погоны капитана второго ранга и объявил себя командующим флотом. Настоящий командующий Черноморским флотом адмирал Чухнин попытался разрешить ситуацию миром, но не преуспел. Шмидт жаждал боя. И он его устроил.

Чтобы обострить обстановку, новый командующий попытался взорвать транспорт «Буг», загруженный морскими минами. Возможных последствий этого Шмидт явно не представлял. Между тем пострадать могли не только корабли, находящиеся в бухте, включая и сам «Очаков», но и часть города.