Как только Кук сделал признания в кражах и поджогах, его моментально уволили с воинской службы.

Первоначально дело Кука числилось за т. н. Детским судом, рассматривавшим обвинения против несовершеннолетних. Сие выглядит довольно забавным, учитывая, что Эдгар являлся военнослужащим. То есть власти Австралии доверили ему огнестрельное оружие и дали право убивать, выполняя приказ, но продолжали юридически считать ребёнком! Первое заседание упомянутого суда прошло 23 марта 1949 г. Затем подсудность изменилась, и дело было передано в Общеуголовный суд Перта.

Перед началом процесса Генеральный инспектор психиатрических больниц штата Западная Австралия Эдвард Томпсон лично осмотрел Эдгара Кука. По мнению специалиста, Кук, безусловно, не был психически больным или умственно неполноценным, проблемы его коренились в недостаточной социализации и неумении приспособиться к нормам «мира взрослых». Томпсон указал на наличие у Кука серьёзных проблем со здоровьем, которые преследовали его с самого раннего детства, к моменту прерывания обучения в школе в возрасте 14 лет Кук уже имел целый комплекс психоневротических отклонений.

Этим общим утверждением Генеральный инспектор, однако, не ограничился. Он обратил внимание на ряд довольно странных и противоречивых утверждений, сделанных Куком во время собеседования. Так, например, тот утверждал, будто ему не интересна одежда других людей и он не фетишист, однако его поведение свидетельствовало об обратном. Кук заявил, будто его не интересовал огонь и он никогда не смотрел на устроенные им пожары, однако во время следствия он рассказывал детективам, что обычно задерживался неподалёку от места поджога и следил за действиями пожарных. При этом он с самым серьёзным видом утверждал, будто не хотел, чтобы огонь уничтожил чужое имущество и, поджигая одежду, вовсе не рассчитывал вызвать большое пламя. Имелись и иные необычные утверждения, насторожившие Томпсона, который в своём заключении допустил возможность того, что Кук находится на пороге шизофрении.

Генеральный инспектор предлагал суду вынести Эдгару приговор и выпустить его условно-досрочно с обязательством пройти стационарное обследование в психиатрической больнице и лечение, если в том возникнет необходимость. Своё заключение Томпсон подписал 13 мая, а уже через 11 дней судья в упрощённом порядке вынес приговор, которым Кук осуждался на 3 года с правом освобождения через 2 или 3 месяца на условиях, предложенных Генеральным инспектором психиатрических больниц штата Томпсоном.

Уже после вынесения приговора, но до прибытия в тюрьму, Кук в очередной раз заехал в больничку. Всё началось с того, что он не подчинился полицейскому конвоиру, и тот без долгих колебаний ударил его прикладом автоматической винтовки в лицо. Эрик потерял сознание, потом пришёл в себя, и у него началась рвота, которая продолжалась с перерывами 3 дня. Его доставили в тюремную больницу, лицо у Кука к тому времени сильно опухло, он постоянно терял сознание, и никто не мог поставить ему диагноз. Переломов на его голове не оказалось, видимых следов удара прикладом не имелось. В конце концов, в историю болезни вписали диагноз «синусит» и лечили от него, хотя всем было ясно, что никакого синусита у заключённого нет.

В августе 1949 г. Кука свободили условно-досрочно, но в психиатрическую больницу не забрали.