Несостоявшееся сражение со скифами окончательно убедило персидского царя в бесперспективности дальнейшей войны, поскольку ему не удалось навязать скифам войну по своему плану. Продолжать поход в этих условиях становилось бессмысленным, и Дарий после совещания со своими полководцами принял решение начать отступление.

В ту же ночь персы как обычно зажгли огни. Затем, оставив слабосильных (то есть раненых и всех неспособных к длительному маршу) воинов и всех ослов на привязи, персидская армия покинула лагерь. Персы поспешно выступили по направлению к Истру. Но нельзя было допустить, чтобы оставленные воины раньше времени поняли, что их бросают на произвол судьбы, и подняли крик, который мог бы привлечь внимание скифов. Потому Дарий объявил им, что персидское войско выступает из лагеря для того, чтобы напасть на скифов. Дабы еще больше ввести оставшихся воинов в заблуждение относительно своих истинных намерений, персидский царь поручил им охранять лагерь. Привязанные к привязи ослы и мулы персов всю ночь своими криками отвлекали внимание скифов, создавая у них иллюзию присутствия в лагере главных сил персидской армии.

На следующий день скифы обнаружили, что персы перехитрили их. Заняв оставленный лагерь персидского царя, они нашли там брошенных больных воинов Дария. К тому времени те поняли, что их бросили на произвол судьбы. Умоляя о пощаде, они рассказали скифам о бегстве персидской армии ночью. Узнав таким образом, что Дарий ускользнул, скифы, объединив все свои силы, бросились к Истру догонять персов. Полагая, что персы отступают по кратчайшему пути, скифы также двинулись к реке по короткой дороге. Однако персидское войско плохо знало местность и, боясь заблудиться, обратный путь к переправе шло по своим следам. Поэтому по дороге скифы разошлись с персами и прибыли к переправе первыми, намного опередив отступавших. Не найдя на берегу никого, кроме по-прежнему охранявших мост ионян, скифы направились к ним. Так как срок, в течение которого греки обещали Дарию охранять переправу, истек, скифы вновь обратились к грекам с предложением разрушить мост и отплыть на родину. Если бы им удалось осуществить задуманное, уничтожить персидскую армию не составило бы большого труда. Узнав от скифов о судьбе персидской армии, греки стали совещаться. Мильтиад, тиран Херсонеса Фракийского, предложил послушаться скифов и разрушить мост. В этом случае греки могли бы освободить находившиеся под персидской властью свои города, расположенные на побережье Малой Азии. Ведь после гибели армии Дария и самого персидского царя его империя неизбежно бы развалилась. Против предложения Мильтиада выступил Гистией, тиран Милета. Он напомнил собравшимся, что их власть держится во многом лишь благодаря поддержке персидского царя. Ведь каждый греческий город всегда предпочитает демократическое правление тираническому. Гистией предложил разобрать часть моста с тем, чтобы скифы не смогли напасть на переправу и не попытались силой перейти на южный берег Истра. В то время как скифы поверили бы, будто греки согласились с их требованиями, сами греки остались бы на месте и ждали возвращения персидского войска. Участники совещания, большинство из которых вначале были готовы поддержать Мильтиада, согласились с планом Гистиея.

Греки разобрали со стороны скифов мост на расстоянии примерно полета стрелы, сделав вид, что собираются его разрушить. Одновременно Гистией предложил скифам не дожидаться, пока мост будет разобран, а отправиться на поиски персов. Он призвал кочевников отомстить тем «за нас (греков) и за себя, как они того заслуживают».

Поверив, что греки разрушают мост, скифы пошли навстречу отступающей персидской армии. Но, как и прежде, им не удалось обнаружить никакого присутствия персов. Согласно Геродоту, объяснялось это тем, что скифы в поисках неприятеля шли по «таким частям своей страны, где был корм для коней и вода, думая, что и враги отступают теми же путями.