Главным командирам портов предлагалось удовлетворять лишь такие новые представления и ходатайства командиров, которые подвергались рассмотрению командующим, доложены Управляющему и объявлены в качестве разрешенных командующим. Требования же командиров, основанные на существующих положениях, хотя бы и не рассмотренные командующим, следовало удовлетворять "без промедления" и, по возможности, без лишней переписки". Об этих полномочиях, "дарованных свиты Его Величества контр-адмиралу З.П. Рожественскому, ГУКиС должно было поставить в известность соответствующие казенные и частные заводы. Из приказа следовало, что ни о каких мерах по кардинальному пересмотру проектов с целью устранения перегрузки и ускорения готовности кораблей в министерстве по-прежнему не помышляли. Никак не упоминались и необходимые дополнительные расходы, да и срочность подготовки к плаванию находилась уже под сомнением. Звучные заклинания про "высочайшую волю" не смутили нового начальника ГУКиС генерал-лейтенанта Л.A. Любимова, который письмом от 12 июня в ГМШ счел нужным разъяснить заблуждение, в которое в своем приказе впал "его превосходительство". В нем генерал задавался резонным вопросом: в чем же собственно заключаются оказавшиеся в приказе нераскрытыми "полномочия" З.П. Рожественского. Напоминал он и о допущенном в приказе прямом нарушении существующего порядка выдачи заказов. Все они должны непременно проходить через ГУКиС, иначе казне не рассчитаться с поставщиками.

В том же роде, всюду оставляя следы лени и недомыслия, продолжало ведомство руководить дальнейшими действиями судостроения и флота. Из более чем тридцати пунктов обвинений, по которым, как выяснилось после войны, подлежали ответственности руководящие чины Морского министерства, первые и главнейшие состояли "в постоянном колебании и ряде ошибок, допущенных при решении стратегических вопросов большой важности", в "существенных ошибках военного судостроения и недостатках артиллерии". Указывалось и на "недостаточный надзор при изготовлении к плаванию и вооружению судов 2-й эскадры и отдельного отряда броненосцев береговой обороны". Развернутый перечень всех ошибок и просчетов ведомства был бы, конечно, многократно обширнее, чем это могла позволить себе комиссия адмирала Я. А. Гильтебранта, но и сказанного оказалось достаточно для того, чтобы император предпочел до конца своего правления не предавать "Заключение" гласности. Слишком угнетающей представлялась в нем картина полной несостоятельности всей руководящей верхушки флота и Морского министерства, слишком очевидна была вина самого императора, который эту верхушку назначал, жаловал и отличал чинами и наградами. Он же, позволив сорвать им же назначенный срок готовности достраивавшихся кораблей – 1 июля, фактически подписал приговор Порт-Артурской эскадре.