По-видимому, в 1787 или самом начале 1788 г. Радищев начал писать уже само «Путешествие» и ко второй половине 1788 г. завершил работу над первой — начальной редакцией книги. Эта редакция по сравнению с окончательным текстом произведения имела ряд существенных отличий: 1) в ней отсутствовало посвящение «А. М. К.»; 2) в «Чудове» не было примечания из Рейналя; 3) «Спасская Полесть» состояла лишь из одного эпизода — встречи с «несчастным» (рассказа о наместнике не было вообще); 4) соответственно «Подберезье» составлял «сон» Путешественника (а встречи с семинаристом не существовало); 5) «Новгород» имел публицистический характер и завершался рассуждением о расправе царя Ивана Васильевича с новгородцами (здесь не было еще ни «летописи новгородской» с обрамляющими ее размышлениями Путешественника, ни рассказа о семействе Карпа Дементьича); 6) «Зайцово» кончалось словами «И поехали всяк в свою сторону» (встречи с приятелем и письма о свадьбе барона Дурындина не было); 7) «Едрово» завершалось словами «…сыны сынов моих да наследят в них»; 8) в конце «Хотилова» изложение проектов «гражданина будущих времен» было гораздо более сжатым, отсутствовало заключение Путешественника; 9) сразу за «Хотиловом» шел «Выдропуск», разделяющей их главы не было (по-видимому, по ошибке Радищев просто пропустил одну станцию — Вышний Волочок); 10) глава «Торжок» не имела примечания о Дикинсоне и «Краткого повествования о происхождении ценсуры» с предваряющим ее абзацем; 11) в «Медном» на месте первого абзаца стояла лишь одна фраза: «Между бумагами моего приятеля нашел я следующее» — и сразу следовали записки «гражданина будущих времен» о продаже крепостных; 12) в «Тверь» входила «Вольность» в виде цельного произведения в 28 строф, а также «Творение мира» и соединяющий два стихотворения прозаический текст; 13) иное, распространенное начало имело «Завидово»; 14) «Черная Грязь» и вся книга кончались исповедью самоубийцы и его гибелью («Слова о Ломоносове» не было); 15) соответственно не было завершающего элемента — «цензурного разрешения» после текста книги.

В конце 1788 или первых числах 1789 г. несколько доработанная стилистически цензурная редакция, в которой появилась глава «Вышний Волочок» (переписанная рукой таможенного надзирателя А. Царевского), была отнесена в Управу благочиния близким к Радищеву таможенным чиновником И. Meйснером (причем имя автора в полиции зафиксировано не было). Пока рукопись находилась в цензуре, писатель продолжал работать над произведением: создавал и вводил в текст новые эпизоды, кое-что исключал, обрабатывал стиль. Через полгода «Путешествие» (оно имело в первых редакциях такое — краткое заглавие) было получено с подписью обер-полицеймейстера Н. И. Рылеева (дата разрешения — 22 июля 1789 г.). После этого в цензуру было отнесено «Слово о Ломоносове», подписанное Рылеевым 25 сентября.

Предвидя, что в обычной типографии напечатать книгу не удастся (а возможно, и не желая туда обращаться), Радищев заранее собрал в таможне, которой он фактически руководил, группу людей, помогавших ему впоследствии в издании (Царевский, Мейснер, Богомолов, Пугин и еще ряд — возможно, до десяти — помощников-переписчиков). Купив у типографщика Шнора в долг печатный станок и шрифты, писатель оборудовал типографию в собственном доме.

Наборщиком в этой домовой типографии был таможенный досмотрщик Ефим Богомолов, печатал досмотрщик таможни Пугин с помощью слуг Радищева. Для начала «на пробу» было издано «Письмо к другу, жительствующему в Тобольске», а затем началась работа над «Путешествием», занявшая около полугода.