Параллельно с печатанием первых листов книги Радищев продолжал работу над текстом. Сейчас мы располагаем шестью наборными редакциями книги и безусловными сведениями о седьмой — наборной рукописи. Композиция произведения уже совершенно определилась на уровне первой наборной редакции, но для стилистической отделки текста писателю понадобилось еще шесть редакций, над которыми он трудился буквально до последних дней — до начала или даже середины мая. В четвертой и пятой наборных редакциях Радищев решил было дать произведению расширенное название: «Проницающий гражданин, или Путешествие из Санкт-Петербурга в Москву» (причем в этот момент он, видимо, предполагал издать книгу в двух томах), — но затем вернулся к определившемуся ранее. К концу мая 1790 г. «Путешествие из Петербурга в Москву» было отпечатано и поступило в продажу в лавке Зотова-Полежаева в Гостином дворе.

Однако уже в середине июня один из читателей, напуганный крамольным содержанием купленной им книги, передал экземпляр в полицию. Началось негласное следствие, но 26 июня, после того как императрица, прочитав первые 30 страниц «Путешествия», вызвала обер-полицеймейстера, следствие пошло уже формальным порядком.

Узнав об этом, писатель приказал сжечь основную часть тиража, что и было сделано накануне и в самый день ареста Радищева 30 июня. Поэтому с самого начала произведение стало широко распространяться в списках (в настоящий момент в государственных архивах СССР выявлено около 100 списков «Путешествия»), экземпляров же первопечатного «Путешествия» сохранилось немного: ныне известно 13 (есть сведения о 14-м) экземпляров на территории Советского Союза.

В 1801 г. — по возвращении из ссылки — Радищев обратился к московскому типографщику С. И. Сел ивановскому с предложением переиздать «Путешествие» (сохранилась очень плохая копия этой редакции, в которую Радищев внес 11 крупных дополнений и изменений, ряд сокращений и Т; п.), но, прочитав рукопись, Селивановский отказался от издания. В 1806 г. в качестве первой части «Собрания оставшихся сочинений» Радищева его сыновья подготовили текст «Путешествия» (с незначительными поправками) с приложением полной «Вольности», но эта часть была запрещена цензурой.

Вторично книга была напечатана в Лондоне по одному из списков А. И. Герценом в 1858 г. Спустя десять лет, в 1868 г., петербургский книгопродавец Шигин издал «Путешествие» в сокращенном (из-за цензуры) виде по списку, составленному из двух радищевских редакций: здесь начало и конец книги совпадают с печатным текстом, а четыре главы («Крестьцы» — «Едрово») взяты из начальной редакции. В 1872 г. «Путешествие» вошло в двухтомное собрание сочинений Радищева, подготовленное П. А. Ефремовым, однако по решению правительства издание было уничтожено. В 1888 г. А. С. Суворину было разрешено перепечатать книгу «буква в букву», но крайне малым тиражом — 100 экземпляров.

Только революция 1905 г. сняла запрет с великой книги, и сразу появилось множество перепечаток. Среди изданий 1905 г. особое место занимает подготовленное П. Е. Щеголевым и Н. П. Павловым-Сильванским, которое явилось первым научным изданием произведения Радищева. Здесь впервые была использована цензурная рукопись, сохранившаяся в следственном деле.

В 1935 г. в издательстве «Academia» вышел двухтомник, посвященный «Путешествию». Первый том этого издания представляет собой фотолитографское воспроизведение первопечатной книги, во втором, содержащем материалы к изучению «Путешествия», помещены, в частности, варианты по цензурной рукописи и одному, «лонгиновскому» списку допечатной редакции (сводной, хронологически третьей, как установлено теперь).