Конечно, в XVI и XVII веках рыцари уже не носили доспехов и сражались не мечами, а более легким оружием. Но флот Мальтийского ордена по-прежнему оставался мощной силой: он был бичом для Османской империи, с ним приходилось считаться и многим другим государствам. Союза с Мальтийским орденом искали многие страны, в том числе и Россия.

Первым из русских послов при Петре I на Мальте побывал Б.П. Шереметев, с почетом принятый в Валетте. В дальнейшем Россия и Мальта регулярно обменивались посланиями по поводу вступления на российский престол императоров и императриц или избрания очередных Великих магистров ордена. Екатерина II направляла на Мальту российских офицеров для прохождения морской практики на кораблях ордена. Особенно тесные отношения Мальтийского ордена и России установились при Павле I.

После французской революции в конце XVIII века в жизни Мальтийского ордена многое изменилось. Орден почти полностью утратил свои европейские владения, находившиеся в основном во Франции. Даже парижский замок Тампль, когда-то перешедший мальтийским рыцарям от храмовников, теперь им больше не принадлежал.

Революционные идеи проникли и на сам остров, коренное население открыто выражало недовольство тем, что Мальтой уже несколько веков владеет дряхлеющий рыцарский орден. Даже среди рыцарей появились те, кто разделял революционные убеждения.

И наконец, орден постиг еще один, самый страшный удар: в 1798 году по пути в Египет к Мальте подошел флот Наполеона. Орден, слывший до этого непобедимым, сдался в течение одного дня. Многие коренные мальтийцы, служившие на острове солдатами и матросами, изъявили желание пополнить французскую армию и отправиться с Наполеоном в египетский поход. Великому магистру и всем рыцарям победитель предписал покинуть Мальту.

Новый приют орден нашел в столице России Санкт-Петербурге. За год до наполеоновского вторжения у мальтийцев в русской столице был Великий приорат, они получили от Павла I великолепный дворец на Садовой улице, большие денежные средства.

Русский император являлся большим поклонником Мальтийского ордена и его давних рыцарских традиций. В цвета мальтийских рыцарей он одевал даже своих лакеев. Когда орден изгнали с острова, его капитул был перенесен в Санкт-Петербург, а сам русский император избран Великим магистром, поскольку прежний глава мальтийцев подписал акт об отречении. После своего избрания Павел ввел в государственный герб России мальтийский рыцарский крест.

Мальтийский орден, казалось, завоевывал в России все более прочные позиции. Это был еще один затейливый и необычный виток в долгой его истории. Новый Великий магистр-император щедро награждал орденскими знаками русских офицеров, становившихся членами ордена.

Однако, как вскоре выяснилось, Мальту орден потерял навсегда. В 1800 году остров захватила Англия и не собиралась возвращать прежним владельцам. А со смертью Павла I в 1801 году стали рваться нити, что связывали Мальтийский орден с Россией.

Александр I, сменивший прежнего императора на престоле, не пожелал занять вакантное место Великого магистра. Поначалу он провозгласил себя покровителем ордена, но через два года сложил с себя эту обязанность. В 1801 году знак ордена был убран из русского герба. В 1811 году дом, которым владел в Петербурге орден, отошел к казне, а дела его сдали в архив.

Потеряны были и другие владения ордена: их спешно захватывали, не заботясь о формальностях. В конце концов, рыцарское братство, с которым когда-то считались короли и императоры, полностью утратило свое значение и обосновалось в Риме, поближе к папскому престолу.

Но, несмотря на все превратности судьбы, орден госпитальеров, называвшихся также иоаннитами, а также родосскими или мальтийскими рыцарями, существует до сегодняшнего дня. Отделения его есть в Англии, Германии, Швейцарии. Членами ордена состоят несколько тысяч человек, преимущественно потомственных аристократов. С 1961 года в него разрешено вступать лицам незнатного происхождения.