В 1919 году решением Оргбюро ЦК РКП(б) Соломон Могилевский направляется в распоряжение Ф. Дзержинского. В октябре того же года он назначается заведующим следственной частью ВЧК и одновременно — заместителем начальника Особого отдела Московской ЧК.

Создание Особых отделов при ВЧК было вызвано тем, что в годы Гражданской войны и иностранной интервенции главный удар спецслужб Антанты и белогвардейцев был направлен против Красной Армии. Это потребовало от ВЧК усилить борьбу с деятельностью контрреволюционных организаций и иностранных разведок внутри Красной Армии. С этой целью по решению ЦК РКП(б) еще 19 декабря 1918 года в ВЧК был создан Особый отдел. Сформирован он был на базе армейских чрезвычайных комиссий и органов военного контроля. В задачи Особого отдела ВЧК входила активизация борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте.

6 января 1919 года под руководством Ф. Э. Дзержинского было разработано Положение об Особых отделах ВЧК. Наряду с задачами по борьбе против контрреволюции и шпионажа в армии и на флоте на Особые отделы возлагалась организация агентурной работы за границей и в оккупированных иностранными державами или занятых белогвардейцами областях молодой республики и руководство ею.

22 декабря 1919 года в Москве состоялось Всероссийское совещание начальников Особых отделов фронтов, армий и флотов, которое приняло резолюцию о необходимости создания агентурной сети не только на оккупированной территории России, но и «в некоторых городах Западной Европы», где разместились белогвардейские центры.

Работая в Особом отделе Московской Чрезвычайной комиссии, Соломон Могилевский в 1919 году принимал активное участие в ликвидации подпольной контрреволюционной организации «Национальный центр».

… В начале июля 1919 года под городом Луга Петроградской губернии красноармейцы застрелили офицера А. Никитенко, лазутчика, пробиравшегося в армию Юденича. Среди найденных у него документов они обнаружили листок, из которого следовало, что убитый офицер являлся членом подпольной антисоветской организации, действовавшей в Петрограде и пытавшейся установить связь с белым командованием. Заговорщики создали так называемый «Национальный центр» Петрограда, в который входили барон Штромберг, князья Андронников и Оболенский, а также другие лица, вскоре арестованные чекистами и давшие показания.

В ходе допросов выяснилось, в частности, что в Москве также действует законспирированная контрреволюционная органиазция «Национального центра», которая готовит вооруженное восстание в «красной столице». Сигналом к нему должно было послужить взятие Тулы генералом Деникиным. Генерал планировал въехать в Первопрестольную до зимы и уже заготовил «Приказ N 1» и «Воззвание к населению Москвы».

Операцией по ликвидации «Национального центра» непосредственно руководил Ф. Э. Дзержинский. В ней участвовали также такие выдающиеся чекисты, как В. Менжинский и А. Артузов. В ходе операции был арестован руководитель «Национального центра» Н. Н. Щепкин, в прошлом крупный деятель партии кадетов, член Государственной думы. На деятельность своей подпольной организации он получил от адмирала Колчака миллион рублей. В ходе обыска чекисты обнаружили на квартире Н. Н. Щепкина постановление Реввоенсовета Республики о сосредоточении фронтовых резервов в районе Тулы, а также изложение плана боевых действий Красной Армии.