В ходе допросов арестованных заговорщиков, в которых принимал непосредственное участие и С. Могилевский, выяснилось также, что они были тесно связаны с резидентом британской разведки в Петрограде Полом Дюксом, через которого информация уходила в Лондон и Париж. Выступление контрреволюционеров намечалось в ночь с 21 на 22 сентября 1919 года. Поэтому начало операции по разгрому контрреволюционного подполья была назначена на 18 сентября. В ходе этой операции, продолжавшейся до 20 сентября, ВЧК арестовала всех основных главарей заговора. 23 сентября 1919 года в «Известиях» было опубликовано обращение ВЧК ко всем гражданам России в связи с разгромом «Национального центра» и преданы огласке имена 67 главных заговорщиков. Всего в ходе проведенной чекистами операции было ареастовано около 700 человек.

После ликвидации «Национального центра» С. Г. Могилевский получил новое назначение. В 1920 году он становится особоуполномоченным Особого отдела ВЧК, то есть фактически является одним из заместителей начальника (в те времена — заведующего) ОО ВЧК. Принимает активное участие в процессе формирования закордонной разведки ВЧК. Это было вызвано Третьим походом Антанты — вмешательством панской Польши в Гражданскую войну в России на стороне Врангеля, окопавшегося в Крыму. Антанта начала готовить армию Пилсудского для похода против Советской России в конце 1919 года, т. е. после провала заговора «Национального центра». Одна лишь Франция передала Польше оружия и боеприпасов для 750-тысячной армии. Кроме того, в Польшу из Франции была переброшена 70-тысячная армия генерала Галлера, состоявшая из поляков-эмигрантов.

Весной 1920 года, воспользовавшись тем, что основные силы Красной Армии были отвлечены на борьбу с остатками армии Врангеля, полчища Пилсудского вторглись на территорию Украины и Белоруссии. Так Польша, получившая независимость от Советской Республики, «отблагодарила» ее. 25 мая 1920 года поляки заняли Киев. В целях усиления разведывательной работы в тылу банд Пилсудского весной 1920 года в Особом отделе ВЧК создается особое подразделение — Иностранный отдел, а при Особых отделах армий — иностранные отделения.

Поход польских белогвардейцев против Советской Республики закончился их поражением. В конце 1920 года под ударами Красной Армии польские интервенты были вынуждены очистить Украину и Белоруссию. Войска Тухачевского быстро продвигались к Варшаве. Перед лицом окончательного поражения Польши министр иностранных дел Великобритании лорд Керзон предъявил советскому правительству ультиматум. Одновременно страны Антанты оказали обанкротившемуся режиму Пилсудского срочную военную помощь. Обороной Варшавы руководил непосредственно французский генерал Вейган, являвшийся военным атташе Франции в этой стране.

Воспользовавшись тем, что тылы Красной Армии отстали от авангарда, а также массированной военной помощью Антанты, поляки отвергли мирные предложения советского правительства и перешли в контрнаступление. Польские войска оккупировали Западную Украину и Западную Белоруссию. Международное и внутреннее положение Советской России осложнилось. В связи с этим в сентябре 1920 года Политбюро ЦК РКП(б), проанализировав сложившуюся обстановку, пришло к выводу о том, что одной из причин неудачи Красной Армии в отражении польской агрессии явилось слабое ведение разведывательной работы в тылу интервентов.

Правда, еще с 1919 года органы ВЧК стали использовать заброску в тыл белогвардейских войск агентов для их последующего внедрения во вражеские формирования. Одному из таких агентов удалось даже проникнуть в организацию Б.