Далее Филиппов информировал об усилении финской белой гвардии и активизации немецкого военного флота в районе Аландских островов. Он также вносил конкретные предложения об отводе отряда российских кораблей в Кронштадт буксирами. В донесении высказывались соображения о целесообразности оказания Финляндии помощи продовольствием, горючим и смазочными материалами. Одновременно Филиппов предупреждал о необходимости принятия решительных мер, чтобы российские поставки «не попали в руки финских белогвардейцев или, еще хуже, в руки немецкой армии».

А. Ф. Филиппов пользовался большим доверием у Ф. Э. Дзержинского. Об этом, в частности, свидетельствует тот факт, что Председатель ВЧК поручил ему изучить в Финляндии и Ревеле (Таллине) работу существовавших там до революции отделений контрразведки царской армии и высказать свои соображения по поводу возможного их использования в интересах ВЧК. Алексей Фролович на месте изучил работу этих учреждений и пришел к твердому убеждению, что они «носят в себе все недостатки старого режима и, за небольшим исключением, состоят из чиновников, интересующихся только жалованием, но отнюдь не результатами работы». Поэтому он предлагал без промедлений издать за подписью В. И. Ленина декрет об упразднении этих учреждений и создании вместо них «органов военного контроля, которые бы ежедневно давали советскому правительству сведения о передвижении войск противника». Свое сообщение на имя Дзержинского он завершил следующими словами: «Декрет насчет контрразведки проведите непременно!».

Безусловно, деятельность А. Ф. Филиппова, как одного из первых разведчиков после Октябрьской революции, имела много отличительных черт от работы будущих профессионалов, так как строилась она главным образом на энтузиазме, жизненном опыте и творческой импровизации исполнителя. Никакой специальной подготовки Филиппов не имел, да и приобрести ее практически в то время было негде. Сама обстановка острейшего политического, экономического и социального кризиса в России, тяжкие последствия Первой мировой войны, назревавшая Гражданская война — все эти обстоятельства придавали его работе в ВЧК, в том числе и по линии внешней разведки, неординарный характер. Его деятельности был присущ особый динамизм, непосредственное участие в срочной реализации конкретных решений руководства Чрезвычайной Комиссии и собственных предложений.

В целом разведывательная работа Алексея Фроловича в Финляндии в определенной степени помогла советскому правительству при проведении важных мероприятий по Балтийскому флоту, прежде всего по перебазированию кораблей из Гельсингфорса и Ревеля в Кронштадт в феврале-мае 1918 года, получившему название «Ледовый переход». Его информация способствовала наведению относительного порядка в гарнизонах российских войск в этой стране, а также использовалась при последующем их перебазировании в Россию.

В марте 1918 года Филиппов возвратился в Петроград, а затем переехал в Москву и был зачислен официальным сотрудником в штаты ВЧК. Сначала он работал в отделе по борьбе со спекуляцией и преступлениями по должности, а позднее был прикомандирован к Президиуму ВЧК для выполнения личных поручений Дзержинского. В это время Филиппов провел расследование ряда дел, связанных с хищениями и саботажем, в том числе, крупного дела по Русско-Балтийскому заводу. Для расследования этого дела он был наделен широкими полномочиями по проверке всей документации предприятия. Об этом, в частности, свидетельствуют имеющиеся в Кабинете истории внешней разведки выданные Филиппову письмо общей канцелярии ВЧК и соответствующее удостоверение, которые подписал Дзержинский.

Расследование по Русско-Балтийскому заводу велось продолжительное время и сопровождалось частыми командировками Филиппова в Таганрог, Петроград и другие города.