Свои обязанности сотрудника при Президиуме ВЧК Филиппов выполнял добросовестно, с присущей ему энергией. Однако вскоре после левоэсеровского мятежа в июле 1918 года он был арестован Петроградской ЧК по подозрению в причастности к монархической организации. Председатель Петроградской ЧК М. С. Урицкий распорядился арестовать Алексея Фроловича и под конвоем доставить его в знаменитую петроградскую тюрьму Кресты.

Сразу же после ареста А. Ф. Филиппов обратился к Ф. Э. Дзержинскому с письменной просьбой «объективно вникнуть в его положение и вскрыть причину недоразумения, которое с ним произошло».

30 июля 1918 года Дзержинский направил в Петроградскую ЧК письмо следующего содержания:

«Тов. Урицкому.

Дорогой товарищ! Ко мне обратился А.Ф.Филиппов с просьбой вникнуть в его положение, что сидит совершенно зря. Не буду распространяться, пишу Вам потому, что считаю сделать это своей обязанностью по отношению к нему как к сотруднику Комиссии. Просил бы Вас только уведомить меня, в чем именно он обвиняется. С приветом Ф.Дзержинский».

В ходе следствия выяснилось, что Филиппов никакого отношения к монархическим организациям не имел. Дело против него было возбуждено по доносу одного из сотрудников Петроградской ЧК, левого эсера, политическую платформу которых Филиппов не разделял и открыто осуждал.

3 сентября 1918 года А. Ф. Филиппов был освобожден из-под стражи. В его следственном деле появилась запись: «К предъявляемым А. Ф. Филиппову обвинениям он никакого отношения не имеет. На основании изложенного настоящее дело считаем законченным и подлежащим хранению в архиве Комиссии».

После освобождения Алексей Фролович продолжил работать в ВЧК. Он являлся сотудником секретного отдела. Одновременно был председателем Исполнительного комитета по делам духовенства России.

Скончался А. Ф. Филиппов в Ленинграде в середине 1950-х годов.

У истоков внешней разведки

Победа Октябрьской революции в России и возможный ее выход из Первой мировой войны встретили враждебное отношение в лагере Антанты. С первых дней триумфального шествия советской власти по стране ведущие державы этого блока — Англия, Франция, Италия, Япония и США — организовали заговор против Советской России, предусмотрев, в частности, арест советского правительства и убийство В. И. Ленина. «Заговор послов» был успешно ликвидирован чекистами, благодаря энергичным мерам, предпринятым Ф. Э. Дзержинским. Страны Антанты организовали вооруженную интервенцию против своей бывшей союзницы. Началась Гражданская война. Советская Россия сумела разгромить интервентов и изгнать их из страны.

Однако никто не мог гарантировать, что внешние заговоры против страны Советов на этом прекратятся, поэтому созданная 20 декабря 1917 года Всероссийская чрезвычайная комиссия с первых дней своего существования уделяла внимание получению разведывательной информации из-за рубежа. В начале 1918 года Ф. Э. Дзержинский направляет со специальным разведывательным заданием в Финляндию привлеченного им лично к сотрудничеству с ВЧК бывшего издателя газеты «Деньги» А. Ф. Филиппова. Позже по поручению Ф. Э. Дзержинского в Турцию с разведывательным заданием выезжает агент ВЧК Р. Султанов. По заданию Особых отделов, созданных в декабре 1918 года, сотрудники и агенты ВЧК направляются в тылы германских войск на Украине, в Прибалтике и в Белоруссии для ведения разведки и организации партизанских отрядов.

В то же время в Москве понимали, что решить вопросы, связанные с ведением закордонной разведки в стане противника только путем засылки агентуры за линию фронта, было нельзя.