Студенты требовали от Филиппсона немедленных объяснений.

– Господа, – стараясь перекричать шум, взывал попечитель, – улица не место для деловых объяснений. Выберите депутатов, и мы спокойно поговорим с ними в университете.

– Вы гарантируете их безопасность? – кричали в ответ.

– Безусловно, – замахал рукой Филиппсон. – Вот вам мое честное слово.

На том и порешили. Процессия двинулась в обратный путь. Попечитель, «плененный» студентами, шел во главе колонны.

Депутаты были и в самом деле приняты, выслушаны, а ночью вместе с другими «зачинщиками беспорядков» (несколькими десятками человек)… арестованы и отправлены в Петропавловскую крепость.

Возмущению студентов предательством Филиппсона не было границ. Да и не только студентов. Казалось, весь Петербург сочувствует им. Сходки перед университетом продолжались. Продолжались и аресты.

В начале октября через петербургские газеты было объявлено, что желающие продолжать обучение в университете согласно распоряжению министра должны получить и подписать матрикулы. Те, кто этого не сделает, будут из университета исключены.

Подобно другим студентам, тяжелые дни переживали братья Тимирязевы. Как поступить: смириться, взять проклятые матрикулы, подчиниться полицейским правилам, пойти на сделку с совестью, изменить убеждениям? Нет, этого они сделать не могли.

Тимирязев (сидит налево) среди товарищей по университету (1864 г.). Сзади него стоит его брат Василий Аркадьевич

Навсегда Клименту Аркадьевичу врезались в память дни и часы, когда, по его словам, совершалась борьба «между тем, в пользу чего говорят все самые насущные интересы, и тем, что подсказывает собственное представление о долге перед обществом».

Братья решили твердо: матрикулы не брать. Так же поступило большинство их товарищей по университету, хотя они и понимали, чем это им грозит.

«В наше время мы любили университет, как теперь, может быть, не любят, да и не без основания, – писал Тимирязев несколько десятилетий спустя. – Для меня лично наука была все… Но вот налетела бури в образе недоброй памяти министра Путятина с его пресловутыми матрикулами. Приходилось или подчиниться новому полицейскому строю, или отказаться от университета, отказаться, может быть навсегда, от науки, – и многие из нас не поколебались в выборе. Дело было, конечно, не в каких-то матрикулах, а в убеждении, что мы в своей скромной доле делаем общее дело, даем отпор первому дуновению реакции, – в убеждении, что сдаваться перед этой реакцией позорно».

28 декабря 1861 года Климент с нелегким сердцем подал на имя исполняющего должность ректора профессора химии А. А. Воскресенского короткое прошение. «Покорнейше прошу Ваше превосходительство, – писал он, – выдать мне свидетельство об увольнении меня из числа студентов С.-Петербургского университета».

На следующий день такое же прошение подал и Василий Тимирязев.

Все же часть студентов, около пятисот человек, дрогнула, не устояла, подписала и взяла матрикулы. Университет был открыт, но посещать его могли лишь «матрикулисгы». Оба выхода – с набережной и Биржевой площади – охранялись сторожами, проверявшими наличие матрикул. Но даже «матрикулисты», демонстрируя солидарность с исключенными, не ходили на лекции. Профессор А. В. Никитенко отмечал в дневнике: «Сегодня открыт университет.