Начальство ответило тем, что распорядилось закрыть все пустующие аудитории и актовый зал. Среди студентов ходило воззвание. В нем говорилось: «Мы – легион, за нас здравый смысл, общественное мнение, литература, профессора, бесчисленные кружки свободомыслящих людей… Главное – бойтесь разногласия и не трусьте решительных мер. Имейте в голове одно – стрелять в нас не посмеют: из-за университета в Петербурге вспыхнет бунт».

23 сентября Климент и Василий возвратились поздно. Дома знали о напряженной обстановке в университете и с тревогой ждали их. За вечерним чаем братья рассказывали о последних событиях. А рассказать было что. В этот день огромная толпа студентов собралась перед запертыми дверьми актового зала. Кто-то крикнул: «Ломай дверь!». Несколько сильных ударов, и путь свободен. В актовом зале начались речи. Требовали отмены полицейских правил и платы за обучение, разрешения корпораций и сходок.

Лишь к вечеру утихли студенческие волнения, и в университете опять установился мир.

Через много десятилетий после этих бурных событий, когда улеглись в памяти подробности первой схватки с притеснителями студенчества, Тимирязев писал: «Много, чересчур много писали о студентах-забастовщиках, но разъяснил ли кто-нибудь психологию студента-забастовщика? А я пережил эту психологию…».

Профессор русской словесности А. В. Никитенко, откровенный монархист, в те дни записал в своем дневнике: «Студенты шумят и требуют отмены всяких ограничений. Они, как и крестьяне в некоторых губерниях, кричат: воля, воля, не давая себе ни малейшего отчета в том, о какой воле вопиют. А что делает правительство? Восклицает: «О, какие времена, какие времена!» и налепливает на стенах в университете воззвания и правила о сохранении порядка».

Нет, на этот раз министр просвещения Путятин решил действовать по-другому: занятия в университете были прекращены и вход в него закрыт. У дверей были выставлены сторожа.

Тем временем в срочном порядке печатались более тысячи матрикул с путятинскими правилами. Планировалось раздать их в начале октября, взяв со студентов подписи о готовности неукоснительно выполнять правила.

С раннего утра 25 сентября студенты (среди них были и Тимирязевы) толпились у закрытой двери в их альма-матер. Собрался практически весь университет. В трибуну превратилась какая-то лестница, прислоненная к стене. Ораторы требовали попечителя. И когда стало ясно, что Филиппсон и не думает являться сюда, в университетский двор, кто-то предложил идти всем на квартиру попечителя на Колокольной улице.

День выдался теплый и солнечный. Студенты, перейдя Дворцовый мост, длинной колонной двинулись по Невскому проспекту. Когда первые ряды подошли к Казанскому собору, последние находились еще у Адмиралтейства.

Небывалая картина привлекла массу любопытных. Они смотрели на шествие студентов, не понимая, куда и зачем те идут. Климент, шедший где-то в середине колонны (в суматохе он потерял брата), рассказывал потом, что мальчишки на улицах кричали: «Бунт! Бунт!»

А колонна все росла. К ней присоединились студенты других учебных заведений, старшие гимназисты, чиновники и даже офицеры.

Процессия свернула на Владимирский проспект. Еще один поворот, налево, и огромная толпа заполняет Колокольную улицу.

Здесь студентов ждали полиция и жандармы. На тесной улице – страшная давка. Возбуждение толпы росло. Оно достигло наивысшей точки, когда показались войска. Солдаты длинной цепью вытянулись вдоль Колокольной, заняли выходы из нее на Владимирский и Николаевскую улицу (ныне улица Марата).

Как дальше развивались бы события, нетрудно предположить (солдаты уже откусывали бумажные патроны и заряжали ружья), но, к счастью, вовремя появился сам Филиппсон. «Мне удалось выбраться вперед, – докладывал он позже министру, – и остановить передних сумасбродов, которые непременно хотели вызвать употребление против них силы… За шумом тысячи голосов нельзя было ни говорить, ни слышать».