Московское боярство постоянно пополнялось знатными выходцами из соседних государств: царевичами из Орды, членами литовской великокняжеской династии и пр. Как правило, они получали щедрые земельные пожалования от московских государей. Члены византийской императорской семьи появились на Руси впервые. По своей знатности они далеко превосходили прочих пришельцев из-за рубежа. Тем не менее им пришлось познать немало унижений, когда они пытались укорениться в Москве.

В Италии у Софьи оставались брат Андрей и племянница Мария Палеолог. Великая княгиня выписала Марию в Москву и выдала ее замуж за сына белозерского князя Михаила Верейского. Согласно византийским обычаям, византийские императрицы держали личную канцелярию, могли распоряжаться своими драгоценностями и пр. Выдавая племянницу замуж, Софья передала ей в приданое женское украшение — «саженье» с каменьями и жемчугом. Как повествуют московские официальные летописи, Иван III вздумал одарить «саженьем» Елену Волошанку по случаю рождения внука. До Софьи «саженье» носила первая жена государя Мария Тверская, и украшение должно было остаться в собственности старшей тверской ветви династии. Не найдя «саженья» в кремлевской казне, Иван III якобы пришел в страшный гнев и велел провести дознание. После розыска московские власти арестовали итальянского финансиста, объявленного пособником Софьи, а заодно взяли под стражу двух ювелиров, по-видимому, переделавших «саженье» для Марии Палеолог. Семье Василия и Марии Верейских грозила опала, и они поспешно бежали за рубеж в Литву. История с «саженьем» поражает своей несообразностью. Женское украшение не имело значения княжеской регалии и не принадлежало к числу самых ценных вещей великокняжеской сокровищницы. «Саженье» было не более чем поводом к фактическому изгнанию из страны Василия Верейского и Марии Палеолог.

Удельный князь Михаил Верейский сохранял преданность Василию II Темному на протяжении всей смуты. Но это не оградило Михаила от произвола монарха. По договору 1482 г. удельный князь «уступил» Ивану III самую ценную свою отчину Белоозеро «и грамоту свою на то ему дал». Наследник княжич Василий Верейский имел все основания негодовать на монарха. Его бегство в Литву отвечало целям Ивана III, как и изгнание из страны Марии Палеолог.

Боярская дума не желала усиливать позиции Софьи и ее сына. Софья выписала из Рима своего брата Андрея Палеолог. Как член византийской императорской семьи и шурин, Ивана III Андрей рассчитывал получить обширные владения на Руси. Но его надежды не оправдались. Не получив желаемого, Андрей Палеолог покинул Москву. Осколки византийской императорской фамилии были отторгнуты московской правящей элитой по причинам сугубо династического характера.

После казней 1497 г. Софья и ее греческое окружение окончательно утратили доверие к верхам московского боярства. Взаимному непониманию немало способствовало то, что система политических взглядов Софьи и греков резко отличалась от московской. Бояре и народ обвиняли «грекиню» прежде всего в нарушении традиционного порядка престолонаследия в Московии. Согласно византийским нормам только Синод мог обнародовать имя преемника василевса. Фактически же Синод лишь облекал в форму закона волеизъявление императора.

Иван III был привязан к взрослому сыну Василию, а на подрастающего внука нередко негодовал. Но при назначении наследника он не мог отступить от московской традиции. Распри в великокняжеской семье грозили подорвать власть монарха. Благодаря грекам московский двор имел возможность основательнее познакомиться с византийскими порядками. В трудных ситуациях императоры нередко передавали отдельные провинции сыновьям-соправителям, что укрепляло положение царствующей династии. Ссылаясь на эту традицию, Софья стала домогаться, чтобы Иван III назначил удельного князя своим соправителем и передал ему крупнейший после Москвы город Новгород со всей Новгородской землей и Псковом.