Московский свод 1497 г. лег в основу Софийской II летописи, автор которой пошел дальше своих предшественников в обличении Софьи и Ивана III, погубивших законную ветвь династии в лице Дмитрия-внука. Неофициальная поздняя летопись утверждала, будто великий князь дважды бегал от татар: первый раз из Коломны и второй — с Угры. В страхе государь приказал воеводам насильно препроводить наследника с границы в Москву. В отличие от струсившего отца Иван Молодой «мужество показал, брань прия от отца, и не еха от берега (с Оки. — Р.С.), а христьянства не выда». Победитель Ахмата окончательно превратился в «предателя христьянства». Книжник не только возлагал на Ивана III ответственность за бегство Софьи на Белоозеро, но и приписывал государю позорные планы. Послав «римлянку» с казной на север, государь якобы «мыслил»: «Будет Божие разгневание, царь (Ахмат. — Р.С.) перелезет по ею сторону Оки и Москву возмет и им бежатх к Окияну-морю». Ввиду явной трусости самодержца Вассиан Рыло в лицо обличил его, назвав «бегуном». Возмущенные москвичи стыдили монарха, говоря: «Нас выдаешь царю и татарам». Иван III якобы побоялся въехать в Кремль, а остался за городом, «бояся гражан мысли злыя поимания». Вместо того чтобы оборонять границу, он провел в Москве две недели, предаваясь страху и нерешительности.

Иван III шел к цели, не стесняясь в средствах. Он нарушил закон и обычаи, расправился с боярами и следовал советам сомнительных лиц. Все это не могло не сказаться на его популярности. Безнаказанные попытки скомпрометировать монарха в момент его наивысших успехов свидетельствовали как о неавторитетности главы государства, так и о кризисе власти. Одним из источников кризиса был раздор между великим князем и церковным руководством. Митрополит Геронтий дважды покидал митрополичий двор в Кремле, чтобы заставить монарха подчиниться своей воле. В первый раз Ивану III пришлось признать свою неправоту и принять условия владыки. Во второй раз монарх предпринял попытку низложить строптивого иерарха, но ничего не достиг.

Иван III не мог добиться послушания от родных братьев Андрея и Бориса, поднявших мятеж в момент вторжения Орды. В 1491 г. самодержец нарушил договор с Андреем, скрепленный клятвой на кресте, и бросил его в темницу, где тот и умер два года спустя. Братоубийство считалось худшим грехом, и через несколько лет Иван III под давлением общественного мнения устроил публичное покаяние. Он призвал митрополита Зосиму и епископов и в их присутствии выразил горе по убиенном брате, «что своим грехом, несторожею, его уморил». Сведения о покаянии были включены в официальный свод 1497 г.

Волоцкий князь Борис, едва избежавший участи князя Андрея, скончался вскоре после брата. Игумен Иосиф Санин, чья обитель располагалась во владениях Бориса, оплакал кончину удельных братьев и обрушился на Ивана III с упреками. Игумен уподобил самодержца Каину. Князь, писал Иосиф, обновил «древнее каиново зло»: по его вине древний род государев «яко лист уже увяде, яко цвет отпаде, яко свет златого светильника угасе и остави дом пуст». Неправедному царю, утверждал игумен в одном из своих сочинений, не следует повиноваться, ибо «таковый царь не Божий слуга, но диавол и не царь есть, но мучитель».

Иван III не пользовался уважением духовенства, доказательством чему были конфликт с митрополитом Геронтием и нападки Иосифа Волоцкого. После смерти Геронтия в Москве был созван священный собор. Государь не допустил к участию в соборе новгородского архиепископа, непримиримого противника еретиков, и навязал собору кандидатуру симоновского архимандрита Зосимы Брадатого, относившегося к еретикам терпимо.