Во время борьбы Ленина за Брестский мир Троцкий фактически его поддержал, что обеспечило Ленину большинство голосов.

14 марта он получил пост наркома по военным делам, 28 марта – председателя Высшего военного совета, в апреле – народного комиссара по морским делам, 6 сентября – председателя Революционного военного совета РСФСР

Уже в январе 1918 года начато формирование РККА, однако вплоть до лета 1918 года Красная армия существует по большей части на бумаге. Толчком к формированию регулярной армии стало выступление чехословацкого корпуса. Чехословацкий корпус был сформирован в составе российской армии осенью 1917 года, в основном из пленных чехов и словаков, выразивших желание участвовать в войне против Германии и Австро-Венгрии. Летом 1918 года бывшие пленные чехословаки оказались чуть ли не единственной военной силой в стране, сохранившей боеспособность. В борьбе с ними Троцкий становится первым главнокомандующим Красной армии и одним из её основателей. В августе 1918 года Троцкий формирует тщательно организованный «поезд Предреввоенсовета», в котором, с этого момента, он в основном и живёт два с половиной года, непрерывно передвигаясь по фронтам Гражданской войны. В качестве «военного лидера» большевизма Троцкий проявляет несомненные пропагандистские способности, личную смелость и явную жестокость. Он наводит среди красноармейцев дисциплину, прибегнув, например, к расстрелам каждого десятого солдата 2-го Петроградского полка, самовольно бежавшего со своих боевых позиций.

Несомненным личным вкладом Троцкого в боевые действия Гражданской войны стала оборона Петрограда 1919 года от армии Юденича. Троцкий своими выступлениями смог поднять упавший боевой дух войск, параллельно пустив слух, что танки Юденича «сделаны из крашеного дерева». После этого красноармейцы наконец смогли воспользоваться своим численным преимуществом и разгромить Белую гвардию.

Несколько раз Троцкий, рискуя своей жизнью, выступает с речами даже перед дезертирами.

Убедившись, что армия, построенная на началах всеобщего равенства и добровольности, оказалась небоеспособной, Троцкий постепенно восстанавливает мобилизации, единоначалие, знаки отличия, единую форму одежды, воинские приветствия и парады.

Однако бурная деятельность непрерывно колесившего по фронтам Троцкого начинает всё чаще вызывать раздражение целого ряда его подчинённых, приводя ко множеству громких личных ссор. Самой значительной из них стал личный конфликт Троцкого со Сталиным и Ворошиловым во время обороны Царицына в 1918 году.

Осенью 1919 года численность Красной армии дошла до трёх миллионов человек, тогда как все белогвардейские армии, вместе взятые, доходили только до 250 тысяч.

К началу 1920 года возглавляемой Троцким Красной армии удаётся добиться решающего перелома в ходе Гражданской войны. На первое место для Троцкого в течение 1920 года постепенно начинают выходить уже не военные, а хозяйственные задачи. До 1922 года Троцкий с присущей ему энергией занимается строительством нового государства и его экономической основы.

Ухудшающееся самочувствие Ленина и фактическое окончание Гражданской войны вывели на первое место вопрос о том, кто станет преемником Ленина и новым главой государства. Формируется «тройка» в составе Каменева, Зиновьева и Сталина для совместной борьбы с Троцким как одним из вероятных преемников.

В 1923 в ряде статей Троцкий обвинил «тройку» в «бюрократизации». Эти его взгляды были осуждены на XIII партийной конференции. Началась борьба не на жизнь, а на смерть в прямом смысле.

В 1926 Троцкий был выведен из состава политбюро ЦК, в ноябре 1927 исключён из партии и в том же году выслан в Алма-Ату. 18 января 1928 года Троцкий был силой доставлен на Ярославский вокзал Москвы. Сотрудникам ГПУ пришлось нести Троцкого на руках, так как идти он отказался.