Военный трибунал под давлением военных властей реабилитировал Эстергази, которого его сторонники вынесли на руках из зала суда под приветственные крики: «Да здравствуют Эстергази и армия! Смерть евреям!»

Дело Эстергази тем не менее послужило мобилизации прогрессивных сил Франции. В один ряд встали сенатор Шереру-Кестнер, журналист, ставший позже премьер-министром Франции, Жорж Клемансо и популярный романист Эмиль Золя.

13 января 1898 года в ежедневной газете «Орор» вышла статья Эмиля Золя «Я обвиняю». Она написана в форме открытого письма, адресованного президенту Франции Феликсу Фору, и обвиняла французское правительство в антисемитизме и противозаконном заключении в тюрьму Альфреда Дрейфуса. Золя указывал на предвзятость военного суда и на отсутствие серьёзных улик. Золя был обвинен в клевете и осуждён 23 февраля 1898 года. Чтобы избежать тюрьмы, писатель бежал в Англию. Письмо Золя произвело во Франции и в Европе потрясающее впечатление. С этого момента дело Дрейфуса захватило общественное внимание Франции и всего мира и приобрело громадное общественное значение.

Общество раскололось. Для одних Дрейфус – изменник, враг Франции, а его сторонники – евреи, иностранцы и люди, продавшиеся евреям, чтобы очернить честь французской армии; утверждать, что французский офицер (Эстергази) занимался таким грязным делом, как шпионаж, значит клеветать на французское офицерство. Антисемиты творили погромы в большинстве французских городов, самый страшный из них произошел в колониальном Алжире. Для других Дрейфус – отчасти случайная жертва, на которую пало подозрение только потому, что он еврей и человек нелюбимый, отчасти – жертва злобы людей, действовавших сознательно, чтобы выгородить Эстергази.

На разбирательстве дела Золя было представлено новое свидетельство виновности Дрейфуса, которое оказалось также фальшивым. Новый военный министр Ковеньяк допросил Анри 30 августа 1898 года и принудил его сознаться в подлоге. Анри был арестован и в тюрьме лишил себя жизни 31 августа 1898 года. Виновность Дрейфуса ставилась этим под сильное сомнение; однако вся военная партия, все антисемиты решительно настаивали на своём, французское правительство и многие французы продолжали верить, что армия не может творить зло. Анри якобы совершил подлог лишь для того, чтобы прекратить позорящую честь французской армии кампанию. Так считал и сам Ковеньяк и настаивал на виновности Дрейфуса. Новым фактом явился отъезд Эстергази за границу и заявление его, что автор бордеро – именно он; этому заявлению противники Дрейфуса не желали верить, уверяя, что сделано оно за деньги.

Дрейфуса привезли во Францию, его дело слушалось еще раз. При рассмотрении дела выяснилось, что в деле Дрейфуса имеется не один, а множество подложных документов. Приговор его был сокращён до 10 лет, а в 1900 году президент Эмиль Лубе предложил ему помилование, на которое он согласился. Клемансо и другие пришли в ярость от его трусости. Однако Дрейфус вышел на свободу. В 1906 году суд совершенно оправдал Дрейфуса. Он был восстановлен на службе и повышен в звании до майора, но вскоре, из-за проблем со здоровьем, приобретённых в заключении, вышел в отставку.

Будучи офицером запаса Дрейфус вернулся в армию с началом Первой мировой войны, защищал Париж, командуя артиллерийской батареей, дослужился до подполковника и в 1918 году был награждён орденом Почётного легиона.

Правые силы, в том числе Кавеньяк, получили непоправимый удар. Если в 1892 году Кавеньяк был одним из кандидатов на пост президента, то после 1898 года об этом не могло быть и речи. Но хотя Клемансо и другие левые политики возглавили правительство после убедительной победы на выборах в 1906 году, антисемитизм стал частью политики французского государства, которая привела к прямому соучастию в холокосте. Жестокие гонители Дрейфуса в годы режима Виши во время Второй мировой войны проводили свою кровавую линию в отношении французских евреев и евреев беженцев из других стран.