В 1654 году, когда свирепствовала чума, унесшая жизни двух третей населения Москвы, в Новоспасский монастырь была переведена царская казна. В конце XVII столетия Новоспасский был одним из самых богатых монастырей Москвы и одним из крупнейших вотчинников. За ним в «ружной книге» 1681 года числилось 14 тысяч крепостных. К монастырю был приписаны вотчины, рыбные ловли, угодья с селами, лесами и лугами. Братия монастыря к 1677 году достигла количества 138 человек. Царь Федор Алексеевич считал своим священным долгом каждую неделю бывать в монастыре для поклонения своим предкам, особенно, после того, как здесь была погребена его любимая тетка Ирина Михайловна. Посещали Новоспасский царевна Софья, цари Петр и Иоанн. В это же время Новоспасский монастырь стал местом заключения преступников и еретиков. Здесь были устроены застенки и затворы. Сюда направлялись для содержания до приговора мятежные стрельцы, прошедшие пытку в Преображенском и Сыскном приказах. Сюда для отбывания наказания были направлены некоторые учителя Московской духовной академии за приверженность к учению Сильвестра Медведева, сторонника Софьи Алексеевны, казненного в 1691 году. Петр I в знак почтения к усыпальнице своих предков приказал отлить для обители колокол весом 1100 пудов, прозванный колоколом Петра Великого.

В XVII веке Новоспасский нередко посещала императрица Елизавета Петровна. При ней же была заложена современная монастырская колокольня.

Новоспасский монастырь сильно пострадал в 1812 году. Французы осквернили храмы, разграбили имущество окрестных жителей, укрытое под кров лей соборного храма. Наместник монастыря, престарелый о. Никодим, был подвергнут пыткам и лишь чудом остался жив. В те страшные дни на кладбище монастыря был похоронен замученный французами священник соседней церкви Сорока мучеников о. Петр Вениаминов (Гаврилов). После французского нашествия обитель быстро оправилась. К 1820 году все здания обители, пострадавшие от бесчинств французов, были отремонтированы. В XIX веке ее храмы и другие здания неоднократно обновлялись.

В храме пребывают частицы мощей преподобного Серафима Саровского, апостола и евангелиста Марка, святителя Иоанна Златоуста, преподобномученицы великой княгини Елизаветы Феодоровны, других угодников Божиих. На север ной стене западной части соборной паперти – остатки чтимого образа Спасителя (фреска). Кроме соборного Спасо-Преображенского храма в обители сохранились: церковь во имя святителя Николая Чудотворца (1652 г.), церковь Покрова Пресвятой Богородицы (1673–1675 г.), надвратная (в колокольне) церковь во имя преподобного Сергия Радонежского (1759–1785 гг.), Знаменская церковь-усыпальница (1791–1795 гг.), под алтарем которой похоронены представители рода Шереметевых.

С древнейших времен в Новоспасском монастыре находили место последнего упокоения представители боярского рода Романовых – предки царственного Дома. Все без исключения государи всероссийские, начиная с Михаила Феодоровича, непременно совершали «царские выходы» в Новоспасскую обитель, чтобы поклониться отеческим гробам. Здесь покоятся родоначальник Романовых Роман Юрьевич Захарьин, его сыновья, мать первого царя рода Романовых великая государыня инокиня Марфа (Ксения Иоанновна Шестова-Романова), пострадавшие при Годунове братья патриарха Филарета и их отец Никита Романович Юрьев (в схиме Нифонт), царевна Ирина, дочь Михаила Феодоровича, и другие яркие представители этого судьбоносного для России рода. 17 сентября 1995 года в Новоспасский монастырь из Кремля торжественно при большом стечении народа были перенесены останки московского генерал-губернатора, дяди Николая II, великого князя Сергея Александровича, зверски убитого террористом Каляевым в 1905 году. Захоронение великого князя было обнаружено возле здания бывшего Верховного совета на Ивановской площади Кремля. Долгое время это место использовалось как стоянка правительственных машин.