Небольшая часовня у восточной стены монастыря указывает на место погребения подвижницы XVIII столетия, невольной затворницы инокини Досифеи (в миру княгини Августы Таракановой) – дочери от тайного, но законного брака императрицы Елизаветы Петровны с графом А.Г. Разумовским.

В этом монастыре захоронены многие представители родственных Романовым семейств: Оболенские, Сицкие, Трубецкие, Ярославские, Нарышкины, Гагарины, Новосельцевы. Над входом в усыпальницу в начале XX века был устроен портал в русском стиле с мозаичной иконой Нерукотворного Спаса. В годы, последовавшие за закрытием монастыря, когда на его территории разместили концлагерь, усыпальница Рома новых подвергалась систематическому расхищению. В настоящее время захоронения в подклете Преображенского собора приводятся в порядок.

В ноябре 1918 года Чрезвычайная комиссия Рогожско-Симоновского района организовала здесь исправительно-трудовой лагерь для женщин, не угодивших новым властям. Одной из таких заключенных была дочь Льва Николаевича Толстого Александра Львовна Толстая. Из ее воспоминаний вырисовывается ужасная картина уничтожения монастырского кладбища, разорения могил, осквернения храмов. Она рассказывала, как заключенные разрывали по ночам могилы в поисках драгоценностей, чтобы за удачную находку получить отпуск в город. Первые годы Советской власти в монастыре находилась женская тюрьма, затем – один из первых в Москве исправительно-трудовой лагерь для уголовников и политических заключенных (ИТЛ).

Храм Знамения Богородицы превращен в тюремный барак. Затем здесь размещался филиал Таганской тюрьмы, архив НКВД. В эти страшные годы в монастыре происходили массовые расстрелы. Часть обреченных на смерть людей привозили якобы для санобработки в Знаменский храм и здесь расстреливали. Трупы хоронили у монастырских стен в насыпи со стороны Москва-реки.

Последний храм (Никольский) был закрыт в 1926 году.

До 1922 года монастырские ценности никем не охранялись. В соответствии с Указом об изъятии церковных ценностей в 1922 году в Новоспасском монастыре было изъято 4 фунта золотых изделий, 38 пудов 37 фунтов золотника золота и серебра, 135 драгоценных камней, жемчужная риза весом 2 фунта с 1582 алмазами. Фелонь из ризницы Новоспасского монастыря хранится в Оружейной палате Кремля. Двадцать наиболее ценных книг находятся в Историческом музее. Судьба большей части ценностей и святынь неизвестна. Решением Моссовета в сентябре 1927 года кладбище Новоспасского монастыря было полностью уничтожено.

После Великой Отечественной войны в Спасском соборе размещался архив Таганской тюрьмы.

В 1991 году Новоспасский монастырь возвращен Русской Православной Церкви. 22 марта 1991 года состоялось малое освящение Спасо-Преображенского собора. Монастырский хор под управлением игумена Митрофана по праву считается одним из лучших в России.

При монастыре действует воскресная школа, школа иконописи. Для богомольцев открыта иконная и книжная лавка. Начата собственная издательская деятельность трудами архимандрита Иннокентия Просвирина, который жил в Новоспасском монастыре на покое, здесь же похоронен (ум. 12 июля 1994).

В Новоспасском монастыре хранятся особо почитаемые православные святыни. Икона Божией Матери «Одигитрии» Смоленской XV–XVI веков – вклад инокини Марфы, матери царя Михаила Федоровича – находится в иконостасе Спасо-Преображенского храма. Икона Божией Матери «Всецарица» – точный список с чудотворного образа, хранящегося в монастыре Ватопед – доставлена в дар монастырю в 1997 году со святой горы Афон, находится в галерее Спасо-Преображенского храма. Икона Спаса Нерукотворного образа (XIX века) – список с чудотворной иконы, находившейся ранее в монастыре.