Царь Алексей Михайлович, единственный в свое время православный царь, был основателем Нового Иерусалима подобно тому, как святой равноапостольный царь Константин, первый христианский император, был основателем храма Гроба Господня в Иерусалиме. Новый Иерусалим близ Москвы свидетельствовал о России как «Треть ем Риме» и «Втором Иерусалиме» и развивал замыслы Бориса Годунова по созданию в Москве Гроба Господня в меру Живоносного Гроба и сооружению храма «Святая Святых».

Царскую идею создания на подмосковной земле подобия святынь Палестины поддерживал патриарх Никон, ему же принадлежит и попытка ее воплощения в жизнь.

Святейший патриарх Никон (в миру Никита Минов) родился в 1605 году в деревне Вельдеманово, что под Нижним Новгородом, в крестьянской семье. Его отец был мордвином, мать – русской. Младенца назвали Никитой в честь преподобного Никиты, столпника Переславльского. Никита рано ощутил призвание к монашеству, но по настоянию родных женился и стал приходским священником, служившим сначала в нижегородских пределах, а затем – в Москве. Супружеская жизнь иерея Никиты продолжалась десять лет, но все трое детей его умерли в младенчестве, и он, увидев в этом знак Божий, уговорил жену поступить в московский Алексеевский монастырь, а сам уехал на Соловки, где в Троицком Анзерском скиту принял монашество с именем Никон в честь священномученика Никона, епископа.

Когда Никон стал патриархом, по его указанию в Святую Землю отправился ученый иеромонах Троице-Сергиева монастыря Арсений Суханов, который по возвращении из поездки доставил патриарху чертежи, планы и точную модель храма Воскресения Христова в Иерусалиме, а также чертежи Вифлеемского храма. Под личным наблюдением патриарха Никона (он жил в скиту, здание которого сохранилось до наших дней) начались работы по воплощению в жизнь его грандиозного замысла. В 60 км от Москвы на глазах у изумленных современников возникал «Новый Иерусалим» – архитектурно-ландшафтная икона, совместившая в себе образы многих палестинских святынь. В центре ансамбля – храм Воскресения Христова, представляющий довольно точное подобие знаменитого храма в Иерусалиме. Рядом церковь Рождества Христова – напоминание о Вифлееме, месте рождения Спасителя. К северу от обители – село Скудельничье (Микулино), к северо-западу – горы Фавор и Ермон. У стен монастыря – березовая роща, названная Гефсиманским садом. Реку Истру патриарх Никон переименовал в Иордан, а небольшой ручеек, протекающий у подножия монастырского холма, – в поток Кедронский. Увидеть свой замысел завершенным Никон не успел. Он был осужден Московским собором в 1666 году и сослан на север, в далекий Ферапонтов монастырь. Строительство Нового Иерусалима надолго приостановилось. Возобновил работы в 1679 году царь Федор Алексеевич и его тетка царевна Татьяна Михайловна. Федор Алексеевич же и возвратил Никона из ссылки, но по пути в Москву патриарх скончался. Исполнилось и желание патриарха живым или мертвым вернуться в свою любимую обитель. Тело его было доставлено в Новый Иерусалим и погребено в Иоанно-Предтеченском приделе Воскресенского собора. К большому сожалению, в 30-е годы советские власти вскрыли гроб патриарха Никона, и местонахождение его останков до настоящего времени неизвестно.

После смерти царя Федора Алексеевича, при котором все здание Воскресенского собора было доведено до сводов, строительство продолжалось при царях Иоанне и Петре Алексеевичах, и 18 января 1685 года собор был освящен патриархом Иоакимом. В 1686 году державные ктиторы Воскресенского собора даровали Воскресенской обители жалованную, так называемую «вечно утвержденную грамоту» на все ее тогдашние вотчины и угодья.

Наследники царей, строивших собор Воскресения Христова, продолжали особенно милостиво относиться к Ново-Иерусалимской обители.

Строительство монастыря завершилось при императрице Елизавете Петровне.