Внутренние проблемы Германии задержали нового короля ещё на год, в течение которого Евгений III проживал в Тиволи.

Фридрих отправил папе Евгению III письмо, извещая о своем избрании; он писал, что приложит все тщание, дабы «изукрасить Церковь всеми ее преимуществами и возвратить власти римского императора его прежнее влияние, ибо всем миром правят две силы: священная власть духовенства и королевская мощь». О каком бы то ни было участии папы в выборах германского короля не прозвучало ни слова, и это произошло не случайно. Фридрих готов был спасти папу, оказавшегося в стесненном положении, но за это потребовал своей коронации как римского императора. Его тайной целью было освободить свое государство от папской опеки и придать ему значение мировой державы. Папе он отводил лишь роль первого епископа империи. Пока же он желал решить в свою пользу три вопроса: расторгнуть первый брак, организовать свое путешествие в Рим для принятия там из рук папы императорской короны и получить согласие Святого престола на свою итальянскую политику.

Евгений III, по характеру склонный к соглашательству, нуждался в германской помощи для восстановления своей власти в Риме и для создания противовеса Рожеру Сицилийскому. Кроме того, он опасался неудобного для Св. Престола союза германского короля и византийского императора.

Легче всего решался первый вопрос. Папа расторг брак короля с нелюбимой и неверной (говорили, что ее застали с любовником) Адельгейдой Фобургской. Теперь Фридрих мог заключить достойный и выгодный брачный союз. Действительно, через некоторое время он женился на прелестной юной принцессе Беатрисе, принесшей в приданое Бургундию. Несмотря на оказанную папой услугу, король никак не соглашался уступить в споре относительно избрания епископа Магдебургского. Его креатура и личный друг, Вихман, решительно не устраивал папу.

Проведенные в Констанце официальные переговоры по другим пунктам закончились 23 марта 1153 г. торжественным соглашением между папой и Барбароссой. Обе стороны обещали поддерживать авторитет друг друга, заключили союз против Византийской империи, и, наконец, германский король обязывался в одностороннем порядке выступить против римлян и никогда не вести переговоры ни с ними, ни с Сицилией.

Но, несмотря на едва установившуюся дружбу, назревал конфликт по поводу кандидатуры епископа Магдебургского. Евгений был мягок, но поступаться принципами не собирался. Тем более что «… милостями и подарками он настолько привязал к себе народ, что получил возможность управлять городом почти вполне так, как ему хотелось. И если бы смерть не похитила его, он с помощью народа лишил бы новых сенаторов сана, который они присвоили себе». Неизвестно, как повернулись бы события, но летом 1153 г. папа скоропостижно скончался в Тиволи. До самой смерти он носил под папскими одеяниями грубую белую рясу цистерцианца, умел сочетать необходимую твёрдость с природной мягкостью и добросердечием, и даже его политические противники признавали его неподдельное благочестие.

В годы понтификата Евгения по инициативе монаха Грациана был создан первый сборник церковных законов, получивший название «Декрет Грациана». В течение всего средневековья «Декрет Грациана» считался главным авторитетом в интерпретации действующего в Западной церкви канонического права. Грациан утверждал, что «папа обладает всеми правами, присущими императору земному и небесному».

Бернар Клервоский посвятил своему ученику-папе произведение под названием «De consideratione» («Рассуждения»), в котором изложил свои теократические взгляды.