Это не помешало ему почти сразу проявить очевидную привязанность к родным: своей матери Стефании папа передал в ленное владение городок Палестрину (Пренесте). За ежегодную плату в десять золотых солидов Стефания, ее дети и внуки получили право владеть городом, но затем он должен был быть возвращен Церкви. Брата, тоже носившего, как и отец, имя Бенедикт, папа повенчал с Теодорандой, дочерью аристократа Кресченция, и после того сделал его правителем Сабины. Род Кресченциев вступил на свое блестящее поприще именно в это время. Поскольку значительная часть римской знати продолжала поддерживать потомков Альберика в лице графов Тускулумских, появление их соперников в лице Кресченциев могло быть полезным Отгону I, позволяя контролировать Рим в соответствии с испытанной тактикой «разделяй и властвуй».

Несмотря на шаги по примирению со своим домом, Иоанн XIII оказался в конфронтации с родными, традиционно являвшимися противниками императора. Брат папы возглавлял движение против немцев, что прибавляло наметившейся ситуации драматичности.

Очевидно, слишком усердно принявшийся проводить линию Оттона I в Риме, к тому же допустивший бестактность и высокомерие по отношению к римской знати, Иоанн XIII скоро вызвал вспышку недовольства в городе. Против него возник заговор, возглавленный префектом Рима Пьетро, которого на эту должность для соблюдения порядка поставил сам император. В число главарей заговорщиков входили также граф Ротфрид из Кампании и Стефан, постельничий папы. Помимо знати в возмущении приняли участие многие представители народа, мечтавшие сбросить навязанного им понтифика, а вместе с ним и иноземное иго.

Иоанна схватили, избили и заперли в замке Св. Ангела, откуда он через некоторое время был переведен в Кампанию, под надзор людей Ротфрида. Те, однако, надзирали за пленным папой недостаточно прилежно, и спустя несколько месяцев Иоанну удалось бежать.

На помощь своему союзнику двинулся Оттон I. По его приказу на заговорщиков были обрушены жестокие репрессии. Император отдал префекта в распоряжение Иоанна XIII, и тот приказал повесить его за волосы на Латеранской площади, на конной статуе Марка Аврелия. Затем Пьетро сняли, раздели донага и посадили верхом на осла, лицом к хвосту, к которому был привязан колокольчик и который префект должен был держать как повод. На голову ему надели мешок, утыканный перьями; такие же мешки прикрывали ноги. В этом виде бывшего префекта провезли по всему Риму, а затем отправили за Альпы в изгнание. Однако жизнь ему папа сохранил.

В Риме установилось спокойствие, хотя и непрочное.

В 967 г. Оттон приказал короновать императорской короной своего сына — молодого Отгона II.

Забота о продолжении своей юной династии двигала в это время императором. Он надеялся придать новый блеск Саксонскому дому вступлением в родство с греческим двором. Оттон отправил посольство к Никифору Фоке, чтобы заключить с ним мир и просить для своего сына руки его падчерицы, дочери Романа И. Посольская миссия была возложена на одного из самых умных людей Италии того времени; это был уже упоминавшийся Лиутпранд, искусный царедворец, последовательно служивший при дворах Гуго, Беренгара и Отгона, а с 962 г. получивший сан епископа Кремонского. Редкое для того времени знакомство с греческим языком, ум, находчивость и придворная ловкость делали Лиутпранда вполне пригодным для выполнения этой задачи, считавшейся тогда современниками одной из труднейших, если вообще выполнимых. Лиутпранд представил Отгону подробный отчет о своей поездке, который и в настоящее время читается с живейшим интересом. В этом отчете изображена картина византийского двора, написанная злым пером, но живыми образами и поэтому в высшей степени ценная.

Лиутпранд писал, что Константинополь — это «город, заполненный ложью, вероломством, мошенничеством и жадностью, пропитанный алчностью и тщеславием». В его суждениях по поводу столицы Византии, как в любых других, исходящих от западноевропейцев, можно обнаружить явное чувство досады по поводу византийского высокомерия и самодовольства.