Новый губернатор Владимир Яковлев через своих людей передал Путину предложение остаться на том же посту. Путин это предложение отклонил и в начале июля 1996 года покинул кабинет в Смольном. Месяца два он был без работы. Однако о нем, как об эффективном чиновнике, знали в Москве, и вскоре он получил несколько предложений. В конце концов по протекции бывшего питерца Алексея Большакова, который в 1996 году занимал пост одного из первых заместителей премьера В. Черномырдина,

В. В. Путин был назначен на высокий пост в Управление делами Президента РФ; во главе этого управления стоял Павел Бородин. В администрации Президента, на еще более высоком посту, начал работать и другой заместитель Собчака — Алексей Кудрин. Но многие недавние сотрудники Собчака и Путина остались в Санкт-Петербурге и работали на свои прежних постах.

Остался в Санкт-Петербурге и Анатолий Собчак. Поражение на выборах было для него тяжелым ударом, особенно тяжело переживал он то обстоятельство, что выиграл выборы у него его же собственный заместитель, которого сам Собчак считал недалеким и серым чиновником. Как могли жители города предпочесть яркому и сильному лидеру какого-то примитивного инженера из коммунхоза?

Несколько дней Собчак провел на собственной даче в Репино, которую строил пять лет. Он занялся здесь благоустройством, сажал кусты и деревья и наблюдал, как демонтируют в его доме линии специальной связи. Вырыли и увезли из подъезда дома на Мойке, где жил Собчак с семьей, узел спецсвязи. Было много телеграмм и писем от западных политиков и от деятелей российской интеллигенции. Бывшего мэра призывали не отчаиваться и рассматривать итоги выборов как временную неудачу. Но Собчак договорился о работе в Петербургском государственном университете и о лекциях по конституционному праву в Гуманитарном университете. Ему было 59 лет, он имел не только общероссийскую, но и международную известность, и он не хотел и не собирался уходить из большой политики. Собчак говорил, что для него репутация честного человека и политика важнее карьеры и что он будет по суду преследовать тех, кто распространял по его поводу клевету.

В судебных инстанциях в это время находилось пять дел, возбужденных Собчаком, и одно дело, возбужденное Яковлевым против Собчака. Уже осенью 1996 года Собчак выиграл два судебных процесса и полученные в качестве компенсации деньги публично передал на благотворительные цели. Немалую компенсацию в пользу Собчака пришлось выплатить и московскому журналисту Павлу Вошанову. Анатолий Собчак был умелым юристом и рассчитывал путем судебных исков если не разорить, то посрамить своих политических противников и недоброжелателей. Но он недооценил их возможности и силу.

Еще в августе 1996 года Собчак был вызван в прокуратуру города, где ему пришлось давать показания в качестве свидетеля. Осенью того года в Москве в Кремле шла острая борьба за власть, в которой по разные стороны участвовали министр внутренних дел Анатолий Куликов и секретарь Совета безопасности генерал Александр Лебедь, премьер Виктор Черномырдин и руководитель Администрации Президента Анатолий Чубайс, а также многие олигархи, крупные предприниматели — олигархами их стали называть позже. Собчак со своими претензиями в это время почти всем мешал, и Борис Ельцин, которого готовили к сложной и опасной операции на коронарных сосудах, дал ясно понять, что не собирается вмешиваться в питерские дела. В этих условиях недоброжелатели Собчака, которых оказалось очень много и в Санкт-Петербурге и в Москве повели против Собчака борьбу на политическое уничтожение.

Особенно активным оказался в этом деле Генеральный прокурор Российской Федерации Юрий Ильич Скуратов. Он шел прямо к Ельцину и просил о санкциях. «Есть необходимость в следственных действиях, — заявлял Скуратов.