В октябре 1903 г. он был откомандирован на учебу в Военно-морскую академию, которую успешно окончил в июле 1905 г.; во время учебы 3 месяца находился в России, где изучал русский язык. 21 марта 1905 г. был произведен в капитан-лейтенанты и 20 июля 1905 г. зачислен в 1-ю кораблестроительную дивизию. 1 апреля 1906 г. перешел в Управление связи Имперского морского управления, где заведовал зарубежной прессой и редактировал журнал «Морское обозрение» и ежегодник «Наутилус». С 15 сентября 1910 г. служил на личной яхте Вильгельма II «Гогенцоллерн». 15 апреля 1911 г. был произведен в капитаны 3-го ранга и 1 октября 1912 г. назначен 1-м офицером Адмирал-штаба командующего разведывательными силами. В начале Первой мировой войны в 1914–1915 гг. спланировал ряд операций по постановке минных заграждений. Участвовал в крупнейших морских сражениях Первой мировой войны — в бою у Доггер-банки (24 января 1915 г.) и в Ютландском сражении (31 мая — 1 июня 1916 г.). 26 апреля 1917 г. был произведен в капитаны 2-го ранга. 17 января 1918 г. назначен командиром легкого крейсера «Кёльн», а 10 октября 1918 г. переведен в Адмирал-штаб офицером для особых поручений.

После окончания войны 4 декабря 1918 г. Рёдер возглавил имперское управление флота и 29 ноября 1919 г. был произведен в капитаны-цур-зее. Весной 1920 г. Рёдер поддержал Капповский путч, после провала которого он 30 июня был снят с поста начальника управления и назначен начальником архива ВМФ. За время работы в архиве опубликовал ряд научных трудов, став крупнейшим специалистом по крейсерским операциям флота, среди его работ — «Крейсерская война в зарубежных водах», «Деятельность легких крейсеров „Эмден“ и „Карлсруэ“», «Война на море». 1 апреля 1922 г. он был произведен в контр-адмиралы, а 20 июля 1922 г. назначен инспектором боевой подготовки ВМС. 10 января 1925 г. занял пост начальника военно-морской станции «Остзее» и 10 сентября 1925 г. был произведен в вице-адмиралы. Получил широкую известность во флоте как честный и принципиальный морской командир, свято следовавший кодексу чести офицера. 31 мая 1926 г. получил звание почетного доктора философии Кильского университета.

24 сентября 1928 г. был назначен исполняющим обязанности начальника Морского руководства; 1 октября 1928 г. он был произведен в адмиралы и утвержден в этой должности, возглавив весь германский флот. При строительстве флота отдавал приоритет крупным надводным кораблям, особенно большие надежды возлагал на легкие линейные крейсеры — «карманные линкоры». Поддержал приход к власти нацистов, приветствовал программу перевооружения флота. 1 июля 1935 г. Рёдер стал главнокомандующим ВМФ, а 20 апреля 1936 г. получил ранг имперского министра и звание генерал-адмирала. 30 января 1937 г. он получил от Гитлера Золотой партийный значок. В 1936 г. начато строительство линейных кораблей, что резко увеличило силу германского ВМФ. Однако из-за того, что основные силы постоянно отвлекались на другие участки работы, программа увеличения флота отставала от намеченных сроков. Ситуация еще более осложнилась с созданием Управления по выполнению 4-летнего плана во главе с Германом Герингом и передачей в его руки всего руководства военным строительством. В 1938 г. Рёдер заявил Гитлеру, что «если война начнется в течение ближайших 2 лет, то флот будет к ней не готов». 17 января 1939 г. он представил Гитлеру план «Z» — план усиления флота, рассчитанный на период до 1947 г. План был одобрен, и ВМФ было предоставлено преимущество перед сухопутными войсками и люфтваффе. 1 апреля 1939 г. Рёдер был произведен в гроссадмиралы.