В 1847 году, по отбытии Давыдова в Петербург, Шевырёв остался старшим профессором русской словесности и определён деканом историко-филологического факультета. Отсюда начинаются его неприятности по службе и между товарищами. Начальство – это была не его сфера. Его сфера были кабинет, аудитория, письменный стол, лекции, исследования, сочинения. С возбуждёнными всегда нервами вследствие усиленных и разнообразных занятий, он делался, может быть, иногда неприятным или даже тяжёлым, вследствие своей взыскательности, требовательности, запальчивости и невоздержанности на язык.

Молодёжь, вместо снисхождения и пощады, отвечала ему своею требовательностью и взыскательностью. Столкновения делались чаще и чаще. Начальство принимало его сторону, чем ещё больше раздражались противники и навёрстывали свои неудачи, постоянно дразня его, как бы по рецепту. Беспрерывные досады действовали отрицательно на характер, а между тем занятия увеличивались. Лекции, статьи, чтение студенческих упражнений, чтение магистерских диссертаций, деканские хлопоты, наконец новый предмет, взятый им также совершенно некстати, педагогия, содержали дух его в беспрерывном напряжении. Противники не выбрали Шевырёва деканом в 1851, кажется, году, а выбрали Грановского. Министр не утвердил выбора, и попечитель по своим причинам просил Шевырёва принять опять эту тяжкую обязанность. Шевырёв имел неосторожность согласиться к совершенному неудовольствию почти всего факультета.

Смею сказать, что я предвидел нехорошие следствия и всеми силами старался отговорить Шевырёва от деканства, забрал справки во время своего путешествия в 1852 году, чего будет стоить жить Шевырёву с семейством в Гейдельберге, и писал ему оттуда, зовя в отпуск на год или на два. Надо отдать честь Грановскому, что он не принимал, кажется, действительного участия в факультетском походе на Шевырёва, а разве страдательное, по слабости своего характера.

Между тем приближалось время университетского столетнего юбилея. Надо было торжествовать его достойно великого учреждения, и все заботы были возложены попечителем на Шевырёва. Шевырёв один вынес юбилей на своих плечах, работая, как вол, в продолжение трёх лет. Он написал историю университета и несколько биографий профессоров, издал биографический словарь, драгоценнейшее пособие, речь для торжественного акта, стихи. При таких трудах лекции между тем и деканские занятия продолжались; разумеется, к нему иногда приступа не было. Довольно, если для примера скажу, что он написал мне такое бранное письмо за то, что я не доставил ему корректуры в назначенный час, что я и не опомнился. Он попрекнул меня получаемою пенсией от университета, для которого теперь будто бы я не хотел потрудиться. Если он так говорил со мною, зная лучше всех, в какой степени я был всегда предан университету и исправен в исполнении всяких обязанностей, можно судить, что должны были выслушивать другие за свою неисправность. Тогда же осенью открылся у него сильнейший ревматизм: он долго не владел ни руками, ни ногами, но возбужденная деятельность не прерывалась.

Юбилей был отпразднован блистательно. Шевырёва носили все, кажется, на руках, и голова у него, может быть, несколько закружилась при напряжении нервов. Шевырёв ездил в Петербург в депутации университета для принесения благодарности государю императору. Успехи его возбуждали зависть…

Следующее лето провёл он в своей подмосковной деревне, незадолго перед тем купленной, и как будто поправился в своём здоровье. Пребывание его в деревне имело доброе влияние на крестьян. Он приучал их ходить чаще в церковь, оказывать уважение к духовенству, лечил, покоил, приглашал к себе обедать священника и его жену; устраивал праздники, обращал внимание на детей.