О болезни отца пишет и Эра Георгиевна: «…В 1936 году он тяжело заболел бруцеллезом, от которого едва не умер. Серьезные осложнения заставили его долго пролежать и лечиться, однако он полностью преодолел недуг, как считали врачи, только благодаря крепкому здоровью и силе воли. Скрупулезно выполняя указания врачей, он навсегда бросил курить, хотя до этого курил много лет».

К сожалению, маневры, проведенные в Белорусском военном округе в 1936 году, стали последними учениями столь крупного масштаба в предвоенные годы. С лета 1937 года на армию и флот обрушилась волна репрессий. Направлена она была на мнимых участников «военного заговора в Красной Армии». С.П.Урицкий в своем письме К.Е.Ворошилову от 27 сентября 1937 года отмечал: «…1 мая 1937 г. после парада у Вас на квартире вождь (речь идет о И.В.Сталине. — В.Д.) сказал, что враги будут разоблачены, партия их сотрет в порошок, и поднял тост за тех, кто, оставаясь верным, достойно займет свое место за славным столом в октябрьскую годовщину». Вскоре были арестованы многие видные военные деятели, в том числе и М.Н.Тухачевский, считавшийся «главой заговора». 11 июня 1937 года Специальное судебное присутствие Верховного суда СССР, рассмотрев дело об «антисоветской троцкистской военной организации» в Красной Армии, приговорило к расстрелу М.Н.Тухачевского, И.П.Уборевича, А.И.Корка, И.Э.Якира, Р.П.Эйдемана, В.К.Путну, В.М.Примакова, Б.М.Фельдмана. Затем последовали новые аресты и расстрелы. К.Е.Ворошилов на заседании Военного совета при НКО СССР 29 ноября 1938 года с гордостью говорил: «Весь 1937 и 1938 годы мы должны были беспощадно чистить свои ряды, безжалостно отсекая зараженные части организма до живого, здорового мяса, очищались от мерзостной предательской гнили… Достаточно сказать, что за все время мы вычистили больше четырех десятков тысяч человек. Эта цифра внушительная. Но именно потому, что так безжалостно расправлялись, мы можем теперь с уверенностью сказать, что наши ряды крепки и что РККА сейчас имеет свой до конца преданный и честный командный и политический состав».

После расстрела М.Н.Тухачевского и других военачальников и военных теоретиков Ворошилов приказал залить на топографических картах «тушью названия с именами врагов народа и только после этого производить выдачу карт для использования». 21 мая 1938 года он подписал приказ об отмене «Инструкции по глубокому бою» 1935 года, которая была разработана под непосредственным руководством Тухачевского и в концентрированном виде содержала наивысшие достижения советской военно-теоретической мысли того времени. Уничтожение наиболее подготовленных командиров и начальников, запрет на использование в боевой учебе документов, разработанных с их участием, отрицательно сказались на подготовке войск, штабов и командиров в конце 30-х годов.

К 1938 году репрессии приобрели такие гигантские размеры, что в январе того же года Пленум ЦК ВКП(б) вынужден был рассмотреть вопрос «Об ошибках парторганизаций при исключении коммунистов из партии, о формально-бюрократическом отношении к апелляциям исключенных из партии и о мерах по устранению этих недостатков». Постановление Пленума, с одной стороны, требовало прекратить огульные репрессии и тщательно разбирать каждое отдельное обвинение, выдвинутое против члена партии, а с другой — давало установку «до конца истребить замаскированных врагов». Этим решением Сталин и его ближайшее окружение вводили в заблуждение рядовых коммунистов и народ, внушая, что репрессии — дело рук партийных функционеров на местах, еще не раскрытых «врагов». Во исполнение решения Пленума в Наркомате обороны создается комиссия для работы с письмами и жалобами.