Ксения влюбилась в Иоанна с первого взгляда, а для него личное знакомство с царевной тоже оказалось приятым сюрпризом. В «нагрузку» к княжескому венцу ему вполне могли подсунуть рябую или хромую уродину, да ещё и малообразованную дурочку — вещь обычная в европейских царствующих домах. А тут — красавица, почти как в сказке. Свадьбу назначили на начало зимы. Но уже месяц спустя, на обратном пути из Троице-Сергиевой лавры, куда царская семья ездила на богомолье, принц Иоанн заболел жестокой горячкой и несколько дней спустя, несмотря на все усилия врачей, скончался…

«Царь отравил королевича!» — тут же ползла молва в народе. Никому не приходило в голову, что Годунову это было невыгодно, все лишь усмехались пpo себя: «С него станется!» После таинственной гибели царевича Дмитрия любая смерть в окружении царя Бориса приписывалась его злому умыслу. По иронии судьбы сам Годунов, по-видимому, тоже был отравлен — ход чрезвычайно ловкий, так как народ решил: что посеял, то и пожал.

До конца своей жизни Борис Годунов пытался найти для дочери супруга королевского происхождения. Однако возобновление брачных переговоров с Данией ни к чему не привело, там решили, что одной попытки вполне достаточно. Не увенчались успехом и поиски жениха в Австрии, Англии и даже Грузии. Трагическая участь обоих принцев отпугнула от царевны искателей её руки. К тому же, по понятиям того времени, Ксения уже была старой девой, ибо к моменту своего второго обручения достигла двадцатилетнего возраста. Но главной причиной краха всех брачных замыслов Годунова было то, что его собственное положение на троне становилось все более шатким.

Через пару лет после смерти принца Иоанна по Руси пополз слух, смертельно опасный для Бориса:

— Царевич Дмитрий жив!

Но, кроме слухов о чудесном спасении младшего сына Ивана Грозного, у царя были куда более серьезные проблемы. Россия страдала от голода и моровой язвы — то есть чумы, повсеместно появлялись разбойничьи шайки, грабившие и сжигавшие все подряд: от холопских изб до боярских палат. В довершение ко всему в 1604 году появилась комета, и вслед за нею начались бури, ураганы, опрокидывавшие дома и даже колокольни. Народ счел все это гневом Божьим, а виновником всего назвал, разумеется, царя Бориса, который, кстати, был отнюдь не злодеем и достаточно мудрым правителем.

Народная ненависть, однако, не коснулась Ксении. «В невестах уж печальная вдовица», по-видимому, вызывала лишь сочувствие. Во всяком случае, когда после смерти Бориса бояре убили его вдову и до смерти забили сына Федора, Ксению не тронули, что, впрочем, не сделало её участь менее печальной.

Почему Ксения не постриглась в монахини после смерти своего второго жениха, которому она как будто бы пообещала хранить вечную верность? Наверное, потому, что вовсе этого не хотела. «Кроткая голубица» была не только достойной дочерью своего отца, но и родной внучкой Малюты Скуратова, одного из самых жестоких людей того времени. Так что вряд ли она мечтала о монашеском покрывале: царский венец представлялся ей куда более заманчивым.

Самая двусмысленная страница биографии царевны Ксении — это её связь с Лжедмитрием. Буквально на следующий день после вступления самозванца в Москву Ксения Борисовна стала его любовницей. Правда, жертвами Лжедмитрия оказались ещё десятки боярских жен, дочерей и даже молоденьких монахинь.