Произошли серьёзные кадровые изменения и в руководстве военного ведомства. Генерал-квартирмейстером стал генерал-лейтенант К. Ф. Толь, дежурным генералом — любимец Александра генерал-адъютант А. А. Закревский. На прежних местах остались генерал-инспектор инженерных войск К. И. Опперман и генерал-инспектор артиллерии П. И. Меллер-Закомельский.

20 декабря 1815 года был издан высочайший указ о немедленной высылке из Петербурга всех иезуитов. Указ появился вследствие того, что за время отсутствия Александра в Петербурге активность членов ордена Иисуса сильно возросла и некоторые воспитанники иезуитского пансиона, а также несколько аристократок перешли в католицизм.

Братьев иезуитов погрузили в крытые возки и в сопровождении жандармов отправили в Полоцк, где находилась резиденция ордена в западных русских землях.

К этому же времени относится новый взлёт Аракчеева. Престарелый Салтыков не мог руководить Государственным советом и Комитетом министров, и почти сразу по возвращению в Петербург Аракчеева все нити правления сосредоточились в его руках. Кроме Госсовета и Комитета министров в ведении Аракчеева оказалась и собственная его императорского величества канцелярия, в которой собирались прошения на высочайшее имя. А среди них немало было жалоб на чиновников и сановников всех рангов, что давало Аракчееву возможность преследования тех, кто был ему неугоден.

Именно тогда начала складываться система, получившая в русской истории название «аракчеевщина». Аракчеев с начала 1816 года стал единственным человеком, докладывавшим Александру все дела по всем департаментам и министерствам.

Император фактически перестал принимать с докладами других высших должностных лиц государства, делая исключение лишь для петербургского военного губернатора и министра иностранных дел, полностью ему послушных.

16 мая 1816 года скончался фельдмаршал Н. И. Салтыков. На его место председателем Госсовета и Комитета министров был назначен светлейший князь Пётр Васильевич Лопухин. Опытнейший бюрократ и царедворец, он последовательно занимал должности генерал-прокурора Сената, министра юстиции и председателя ряда департаментов Государственного совета.

Лопухин был во всём солидарен с Аракчеевым, и даже такие близкие к царю лица, как Волконский, Закревский, Ермолов, Киселёв и другие, считавшие Аракчеева «вреднейшим человеком» и «проклятым змеем», были бессильны что-либо сделать.

Вскоре Ермолов был отправлен на Кавказ, где занял должности командира Отдельного Кавказского корпуса и губернатора Кавказской и Астраханской губерний. Одновременно, находясь в пределах Российской империи, Ермолов исполнял обязанности чрезвычайного посла России в Персии.

Последовал и ряд других административных перемен, ещё более усиливших фаворита. Особенно возросло его влияние на царя после того, как он занялся устройством военных поселений.

Идея их создания возникла ещё за два года до начала Отечественной войны. Её авторство принадлежало адмиралу Н. С. Мордвинову, предложившему в 1810 году «создать усадьбы для полков, дабы уменьшить расходы казны на их содержание».

В мозгу Александра I эта идея трансформировалась в военные поселения, где вместе с солдатами жили бы и их семьи, чтобы тем самым облегчить участь и тех и других. Дело их устройства он поручил Аракчееву.

Александр писал ему 28 июня 1810 года: «Чтобы не терять более времени, я приказал Лаврову ехать к тебе в Грузино для личного с тобою переговора. Я ему подробно весь план изъяснил. Военный министр извещён, что сию часть я исключительно поручаю твоему попечению и начальству. Теперь остаётся начать. Чертежи твои весьма мне понравились, и мне кажется лучше придумать мудрено.