Министерство военных морских сил возглавил сорокавосьмилетний адмирал Николай Семёнович Мордвинов. Его отец адмирал Семён Иванович Мордвинов был автором оригинальных трудов по геометрии, астрономии и навигации, оставил переводы с французского по эволюции и экзерциции флота. Он отдал сына во флот юношей, а в двадцать лет Н. С. Мордвинова послали на три года в Англию для совершенствования в морском деле.

Прямой, честный и неподкупный, Н. С. Мордвинов не заискивал ни перед кем и тем нажил себе могущественных врагов, в том числе в лице Потёмкина и его преемника в Новороссии — де Рибаса.

Павел I присвоил Мордвинову чин адмирала и назначил членом адмиралтейств-коллегии. Мордвинов привлёк внимание Александра I непримиримой позицией по отношению к казнокрадству Кутайсова. Когда зашла речь о министре военных морских сил, то свой выбор Александр остановил на Мордвинове.

Однако министром он оставался лишь три месяца, не сработавшись со своим заместителем адмиралом Павлом Васильевичем Чичаговым, на сторону которого перешёл Александр.

А дело обстояло так. В 1802 году был учреждён «Комитет для приведения флота в лучшее состояние». Члены комитета, подобно их коллегам из «Воинской комиссии для рассмотрения положения войск и устройства оных», считали Россию неуязвимой на своей территории, почему ограничили флот чисто оборонительными функциями в прибрежных зонах Балтики и Чёрного моря и отказались от создания мореходного флота, способного решать стратегические задачи на океанских коммуникациях. Мордвинов не согласился с этим и вынужден был уйти в отставку. Министром стал Чичагов.

Что же представляло собой министерство военных морских сил?

Оно трансформировалось из учреждённой Петром I адмиралтейств-коллегии, вошедшей в состав министерства всеми своими шестью экспедициями: комиссариатской, интендантской, казначейской, артиллерийской, счётной и инспекторской. С образованием министерства дополнительно появилась лишь военная по флоту канцелярия, а через год — департамент министра морских сил.

Видимо, не следует переоценивать значение новых органов власти — министерств. Уходя корнями в систему коллегий, они сохранили от них множество родимых пятен, переняв стиль, форму и методы их деятельности. Тем не менее это был шаг вперёд. Новые учреждения в большей степени согласовывали свои действия с другими структурами государства, полнее и быстрее осуществляли свои функции.

5 декабря 1802 года Александр утвердил доклад военной коллегии, подписанный министром военных сухопутных сил Вязьмитиновым, о порядке увольнения со службы унтер-офицеров, по тем или иным причинам не могущим служить далее. Приводя в соответствие разные правительственные акты — «О вольностях дворянству» от 18 февраля 1762 года, инструкции 1764 и 1766 годов, грамоту от 21 апреля 1785 года «На права, вольности и преимущества российскому дворянству», устав о полевой службе 1797 года — военная коллегия предлагала увольнять дворян в отставку с унтер-офицерской службы не ранее чем через двенадцать лет, исключая больных и раненых.

Что же касается унтер-офицеров, происходивших не из дворян, или же обер-офицерских детей, чьи родители имели только личное дворянство, то им срок выхода в отставку увеличивался на три года и равнялся пятнадцати годам.

Для них предусматривались льготы службы в офицерских чинах в инвалидных командах. Отдельный пункт предусматривал льготы и за теми унтер-офицерами, которые выслужили себе чин, беспорочно прослужив пятнадцать лет, даже если начали службу рекрутами. Если же они уходили по ранению, то именными императорскими указами могли получить обер-офицерский чин, а вместе с ним и личное дворянство.

20 февраля 1803 года был опубликован указ «О свободных хлебопашцах», которым разрешалось помещикам отпускать своих крестьян на волю поодиночке, семьями и целыми селениями — «всем миром».