Пытаясь ослабить впечатление, оставленное показаниями Конли и Далтона, защита попыталась обосновать версию убийства Мэри Фэйхан в пустующих помещениях 1-го этажа фабрики. Для этого в суд был вызван свидетель защиты Уиллетт (T. H. Willett), инженер-строитель по образованию, который представил объёмный макет здания карандашной фабрики, изготовленный из синей бумаги. Используя эту модель адвокаты рассказали, что некий неизвестный человек [ни Конли, ни Лео Франк] мог войти с улицы и, спрятавшись за ящиками в фойе, напасть на спустившуюся по лестнице со 2-го этажа Мэри Фэйхан. Затащив девочку в пустующие помещения, злоумышленник мог предпринять там попытку изнасилования, но отчаянное сопротивление девочки не позволило этому случиться. После удушения жертвы преступник мог переместить тело в подвал несколькими способами – используя лифт, пройдя по лестнице между подвалом и 1-м этажом и, наконец, сбросив труп через окно, а затем занеся его в подвал через заднюю дверь.

Идея эта являлась в целом неплохой, но вопрос об убийстве в пустующих помещениях 1-го этажа обсуждался в самом начале расследования и был отвергнут по целому ряду соображений. Например, в силу того, что люк, закрывавший лестницу в подвал, не открывался долгое время, о чём свидетельствовала нетронутая паутина. Кроме того, в пыльных помещениях не было найдено никаких следов, указывавших на их недавнее посещение или борьбу там. Проход в арендные помещения преграждался массивными дверями с исправным замком, который утром 27 апреля полицейские нашли запертым. Да и сама версия о переноске трупа неким посторонним человеком выглядела недостоверно – для чего постороннему человеку беспокоиться о сокрытии тела убитой девочки? Он вышел из здания и забыл думал о трупе… То, что тело пряталось в подвал однозначно указывало на причастность к преступлению кого-то из работников фабрики.

Тогда защита решила зайти с другой стороны и доказать, что Мэри Фэйхан приехала на карандашную фабрику не сразу после полудня, а несколько позже – через четверть часа или даже более. Тем самым время убийства отодвигалось к 12:30 и более позднему времени, что лишало доводы обвинения доказательной силы. И тут очень к месту оказалась давняя история, связанная с журналистом Пленни Майнором (Plennie Minor), который 27 апреля приходил в дом Эппсов и разговаривал как с самим Джонни, так и его старшей сестрой. Тогда же Майнор опубликовал небольшую статью, в которой сообщил о том, что брат и сестра Эппсы видели Мэри Фэйхан живой в четверг 24 апреля, то есть за 48 часов до убийства. Уже после публикации этой статьи Джонни Эппс рассказал полицейским о совместной с Мэри поездке в трамвае в день убийства девочки. Детективы поверили подростку и проигнорировали очевидное противоречие тому, что Джонни ранее сообщил журналисту Майнору.

И вот теперь защита Лео Франка [спустя более 3-х месяцев!] решила на данном противоречии сыграть. Защита потребовала провести повторный допрос Джона Эппса, основывая это тем, что показания подростка в суде вступили в явное противоречие с рассказом журналисту. Судья Роан посчитал необходимым разобраться в возникшем противоречии и поручил помощнику шерифа обеспечить явку Эппса в суд.

Помощник шерифа отправился по месту проживания подростка и выяснил, что мальчик сейчас отсутствует, но родители Джонни заверили его, что направят сына в суд немедленно, как только тот появится.