Сын черниговского боярина Федора Бяконта, пе­ребравшегося в Москву во второй половине XIII в., будущий митрополит был крестником самого Ивана Калиты. Год его рождения неизвестен. Вероятно, он появился на свет в самом начале XIV в. Младенец в крещении был наречен Елевферием. Это трудное для русского слуха имя в обиходе произносили про­ще— Алферий, Алфер.

Отец Алферия входил в число 10—12 знатнейших московских бояр, составлявших своего рода прави­тельство, главой которого был князь. Есть сведения, что князья настолько доверяли Федору, что даже оставляли его московским наместником на время своих отлучек. Перед боярским сыном открывалась проторенная дорога военной службы. Однако Алфе-рий избрал иной путь. Он с детства отличался рели­гиозной экзальтированностью и одновременно живым умом, незаурядными способностями и богатым вооб­ражением. Вскоре он уходит из мира и затворяется в стенах московского Богоявленского монастыря. Здесь он принял постриг и получил монашеское имя Алексея. По традиции первая буква мирского и мо­нашеского имени совпадали.

Богоявленский монастырь был местом постриже­ния московской знати. Его ктиторами были тысяцкие Вельяминовы. По некоторым сведениям, уже в 40-е годы XIV в. здесь был выстроен каменный собор.

Заметив расторопного и хорошо образованного инока, митрололит в 1340 г. назначает его своим на­местником во Владимире. В конце 40-х годов Феог-ност вместе с великим князем Семеном Ивановичем отправляют в Константинополь посольство, которое, передав императору Иоанну Кантакузину крупную сумму денег «на ремонт храма св. Софии», заводит речь о возведении Алексея на митрополию «всея Ру­си» после смерти Феогноста.

Выдвижение Феогностом Алексея в качестве своего преемника в клерикальной литературе обычно изображают как величайшее благодеяние Москве. При этом церковные авторы и те, кто разделяет их тезис, совершают ту самую ошибку, от которой предо­стерегал историков известный исследователь древней Руси академик С. Б. Веселовский. «Мы склонны обыкновенно по последствиям судить о предшествую­щих событиях, о намерениях и целях тех лиц, кото­рые были участниками этих событий»  . Те, кто утверждает, будто, выдвигая Алексея, Феогност хотел услужить Москве, исходят из последствий, а именно из того, что лет десять спустя Алексей действительно активно поддержал московскую политику.

Почему же все-таки византиец Феогност выдвинул своим преемником «русича» Алексея? Прежде всего потому, что эта кандидатура не вызывала возраже­ний со стороны Орды. Не только поддержка москов­ской дипломатии укрепила позиции Алексея в Сарае. Ханская ставка связывала с фигурой Алексея свои собственные политические интересы. Появление мит­рополита-москвича, по расчетам ордынцев, должно было неминуемо привести к церковному расколу и отделению самостоятельной великорусской митропо­лии. Феогност понимал, чего ждет Орда от Алексея, но надеялся, что тот, став митрополитом, сумеет отстоять интересы патриархии. Поддерживая канди­датуру Алексея, великий князь Семен Иванович и бояре надеялись иметь в его лице надежного поли­тического союзника. Однако из этого вовсе не следу­ет, что Алексей открыто проявлял свои московские симпатии, обещал стать «духовным мечом» в руках сыновей Калиты. Митрополит Феогност, всю жизнь чуравшийся московских забот, едва ли поддержал бы Алексея в том случае, если бы видел в нем явного сторонника московских князей.

Что касается позиции самого Алексея, его сокро­венных замыслов, то здесь можно сказать определен­но лишь одно: будущий митрополит прекрасно умел скрывать свои мысли, умел внушать самые противо­положные надежды, не давая никаких определенных обещаний.