Поездка в Киев едва не стоила Алексею жизни. Схваченный по приказу Ольгерда, митрополит около двух лет провел в темнице. Орда, где в это время кипела жестокая междоусобица, не смогла оказать своему «молебнику» никакой помощи. Впрочем, и сама идея единой митрополии, за которую сражался Алексей, как уже известно читателю, не встречала у ордынской дипломатии особого сочувствия. В сущ­ности, это была чисто византийская идея, которая даже у московских князей вызывала по меньшей ме­ре двойственное отношение. Последующие события показали, что свой, «управляемый» митрополит, при­знанный и действующий только в Великороссии, был для них гораздо нужнее, чем бродячий иерарх-визан­тиец, благодаря политической эквилибристике сидя­щий одновременно на двух или даже трех «стуль­ях»— московской, литовской и галицкой кафедрах.

За первые пять лет своею митрополичества Алек­сей не оказал Москве никаких политических услуг. Это был совсем не тот воинственный «москвич», ко­торый позже, в 60-е годы, горой стоял за ее интересы. В 50-е годы Алексей, следуя заветам Феогноста, бо­ролся за целостность русской митрополии, апеллируя к Орде и патриарху как высшим инстанциям. Он из­бегал открытого вмешательства в политические дела и лишь однажды без особого успеха выступил в роли миротворца, пытаясь погасить ссору тверских князей.

В первой половине 1360 г. Алексей с помощью своих тайных друзей бежал из литовского плена. 12 июля 1360 г. он уже был во Владимире-на-Клязьме, где поставил на кафедру новгородского владыку Алексея.

Вернувшись в Великороссию, митрополит оказался перед лицом совершенно иной, чем в середине 50-х годов, политической обстановки. Орда уже не­сколько лет сотрясалась жестокими междоусобица­ми. Русский летописец под 1357 годом не без удо­вольствия записал: «Началась в Орде замятия вели­кая». Другой летописец уточнил, также не без зло­радства: «Замятия в Орде не перестала, но только сильнее разгорелась». За период с 1357 по 1381 г. на престоле Золотой Орды сменилось 25 ханов. Под натиском соседних государств уменьшалась террито­рия Орды.

Упадок Золотой Орды шел одновременно с усиле­нием Великого княжества Литовского. Около 1356 г. Ольгерд овладел Брянском, в 1362 г. окончательно утвердился в Киеве, в 1364 г. отобрал у поляков Подолию. Воодушевленный успехами Ольгерда, мит­рополит Роман активно наступает на позиции Алек­сея. Оттеснив его за Оку, Роман пытается получить признание и в самой Великороссии. В 1360 г. он при­был в Тверь и некоторое время прожил здесь. Тогда же литовский отряд совершает набег на митропо­личью вотчину — городок Алексин на Оке. Роман яв­но стремится овладеть Алексинам, считая его соб­ственностью «митрополита Киевского». В любой мо­мент против власти Алексея могли взбунтоваться новгородцы. Еще в 1352—1353 гг. они отправляли к патриарху посольство, жалуясь на произвол со сто­роны Феогноста и протестуя против московских пла­нов возведения на кафедру Алексея. Тогда патриарх с трудом сумел успокоить новгородцев, наградив ар­хиепископа Моисея крестчатыми ризами, ранее ото­бранными у него Феогностом. Имея давние связи с Литвой, новгородцы с интересом наблюдали за успе­хами митрополита Романа.

Но более всего Алексея тревожило то, что Мо­сква, его родина и опора, не могла уже вступиться, стать горой за митрополита, выдвижение которого стоило ей стольких хлопот и затрат. В правление Ивана Красного Москва переживала тяжелые вре­мена внутренних неурядиц. Престиж московского князя упал. Сбывались слова Семена Гордого, пре­дупреждавшего братьев об опасности боярских кра­мол.