Положение еще более осложнилось после кончи­ны 13 ноября 1359 г. великого князя Ивана Ивано­вича. На московском престоле оказался его девяти­летний сын Дмитрий. Воспользовавшись этим, суз­дальский князь Дмитрий Константинович получил от одного из ордынских правителей ярлык на великое княжение и 22 июня 1360 г. торжественно въехал во Владимир. Митрополит Алексей признал нового великого князя. Однако уже тогда он вынашивал сов­сем иные планы.

Правление малолетнего Дмитрия, как это часто случалось в истории России, ознаменовалось вспыш­кой вражды между боярскими кланами. Политиче­ские разногласия бояр сочетались с острым сопер­ничеством на почве местничества и личных счетов. При московском дворе выходцы из юго-западных рус­ских земель соседствовали с бывшими ростовскими боярами, коренные москвичи — с недавними тверича-ми, ордынские «царевичи» —с опальными литовскими князьями. Каждый боярский род стремился занять при дворе положение не менее видное, чем то, кото­рое он занимал до отъезда в Москву.

Трезво оценивая создавшееся к лету 1360 г. по­ложение, Алексей не мог не видеть, что он стоит пе­ред необходимостью выбора: либо, следуя заветам Феогноста, отстраниться от политической борьбы и терпеливо ждать ее исхода, либо всецело поддержать московского князя. Первый путь был для Алексея, пожалуй, даже более опасным, чем второй. И успехи митрополита Романа, и утверждение во Владимире Дмитрия Суздальского, и возможная победа враж­дебной боярской группировки в ближайшем будущем грозили ему, ставленнику московского князя и выходцу из рода Бяконтовичей, потерей кафедры.

Несомненно, сильное давление на Алексея в этот период   оказывали   его   земляки   и   родственники — влиятельный клан киево-чернигово-брянских выход­цев, обосновавшихся в Москве. Отец Алексея в свое время был, по-видимому, главой этого «землячества». Уговоры и поддержка родичей укрепили решимость Алексея, позволили ему взять на себя роль неофи­циального главы московского боярского правитель­ства.

На выбор Алексея повлияли и те черты его ха­рактера, которые отчетливо проявились уже в первые годы митрополичества — решительность, вера в соб­ственные силы и предназначение, умение привлекать к себе людей. Случай, редкое стечение политических обстоятельств давали возможность митрополиту сыграть совершенно особую роль в истории русской церкви и государства. И Алексей не упустил этой возможности.

Стремясь прикрыть от посторонних глаз далеко не христианские причины своего прихода к «мирской» власти, Алексей создает легенду о том, что князь Иван Иванович перед смертью якобы просил его стать опекуном малолетнего Дмитрия, регентом и главой правительства. В действительности этого быть не могло. В момент кончины Ивана митрополит на­ходился в плену у Ольгерда и никто не мог сказать, когда он оттуда выйдет, да и выйдет ли вообще. Ле­генду о своем обещании умиравшему князю Ивану митрополит излагал и в грамотах к патриарху, стре­мясь оправдать свое деятельное участие в политиче­ской борьбе.

Едва ли была хотя бы одна крупная задача мо­сковской политики в 60-е годы XIV в., в решении которой не принимал участия митрополит Алексей. Духовная власть стала в его руках грозным оружием в борьбе за торжество московского дела.

Уже в 1362 г. долгожданный ветер удач вновь на­полнил паруса московского корабля. В этом году ордынский хан Амурат выдал ярлык на великое кня­жение Владимирское 12-летнему Дмитрию Москов­скому. Посланные из Москвы рати выбили Дмитрия Суздальского из Владимира. В 1363 г. с помощью ордынского отряда он вновь захватил город.