Осенью 1354 г. Алексей вернулся на Русь. По до­роге домой он едва «е погиб, когда корабль, на ко­тором он плыл, попал в сильный шторм. В минуту крайней опасности митрополит дал обет построить Церковь в честь того святого, в день памяти которого он вступит на землю. Это случилось 16 августа, на праздник знаменитой константинопольской иконы Спаса Нерукотворного. Выполняя обет, Алексей впоследствии основал близ Москвы, на берегу Яузы мо­настырь с храмом в честь Спаса. Его первым игуме­ном был монах по имени Андроник. Интересно, что еще в XIV в. ручей, протекавший в овраге вблизи Спасо-Андроникова монастыря, получил громкое имя — Золотой Рог, по названию бухты, на берегу которой располагался, Константинополь.

Первые годы своего управления русской церковью Алексей провел в постоянных разъездах. Зимой 1354—1355 гг. он «принимал дела» в Киеве. Среди прочих дел он не забыл учредить в Софийском собо­ре чествование памяти «трех литовских мучеников». Между тем город уже с 1321 г. находился под властью литовских князей. Поздней весной 1355 г., когда просохли дороги, Алексей отправился обозре­вать епархии Юго-Западной Руси.

Втянувшись в крайне запутанные дела православ­ной церкви во владениях литовских князей и поль­ского короля Казимира III (1333—1370), Алексей стал на тернистый путь борьбы «на чужой террито­рии». Судьба уже готовила ему первый тяжелый удар. Летом 1355 г. в Константинополе вернувшийся из ссылки патриарх Каллист поставил на Русь еще одного митрополита — Романа. Этот иерарх был по происхождению тверич, родственник второй жены князя Ольгерда Юлиании (Ульяны) Александровны Тверской. Именно Ольгерд убедил патриарха поста­вить Романа митрополитом для православных епар­хий Великого княжества Литовского. В случае отказа литовский князь грозил принять католичество. Кон­стантинопольский патриарх, потерявший к этому вре­мени власть над православными церквами Болгарии и Сербии, не захотел вступать в конфликт с правите­лем Литвы.

Столицей владений митрополита Романа стал Новогородок-Волынский. Ему подчинились туровская и полоцкая епархии. Своей первоочередной задачей Роман считал изгнание Алексея из Киева. Осенью 1356 г. по требованию Романа патриарх вызвал Алек­сея в Константинополь для уточнения границ его вла­дений. Патриаршьи послы застали Алексея в сентяб­ре 1356 г. уже в Москве. Отсюда через Орду, где Алексей совершил «чудесное исцеление» ханши Тай-дулы, митрополит направился на Босфор.

Суд в Константинополе превратился по существу в своего рода аукцион, на котором продавалось зва­ние «митрополита Киевского и всея Руси». В итоге Алексей дорого заплатил за его сохранение, Роман еще дороже —за приобретение. Раскол митрополии сохранялся. Оба митрополита, неся большие убытки, посылали на Русь своих представителей для сбора дани в одних и тех же епархиях.

В 1357 г. Алексей вернулся в Москву, затем со­вершил еще одну поездку в Орду. Здесь в июне 1357 г. он получил ярлык от хана Бердибека. Этим ярлыком Орда, благоволившая к Алексею, восстанав­ливала привилегии русской церкви во всей их пол­ноте, какими они были при ханах Тохте и Узбеке. В самом начале 1358 г. Алексей покидает Северо-Во­сточную Русь и едет в Киев, не желая допустить утверждения там Романа.