Род Лопухиных, из которого происходила молодая царица, имеет очень древнее происхождение. По преданию, он восходит к легендарному «касожскому» (адыгскому) князю Редеде, которого в 1022 году победил в боевом единоборстве князь Мстислав, сын Владимира Святого. Лопухины были давно и хорошо известны царице Наталье Кирилловне. Дед Евдокии, Абрам Никитич Лопухин, служил в свое время дворецким у матери Петра I. Отец молодой царицы, Илларион Абрамович Лопухин, был стрелецким полковником, верхотурским воеводой, а в 1682 году возведен в чин окольничего. Став царским тестем, по указу нареченный Федором (подобное, как мы знаем, случилось и с отцом царицы Прасковьи Федоровны), он получил чин боярина. Позже боярами стали также его братья, соответственно дяди царицы Евдокии: Петр Большой, Петр Меньшой, Василий и Сергей Абрамовичи. Молодое поколение Лопухиных было записано в стольники.

После свадьбы царь Петр побыл с молодой женой до начала весны, а затем уехал в Переславль Залесский, где строились корабли для плавания по Плещееву озеру. Обычно любознательный и увлекающийся, Петр Алексеевич не любил проводить много времени в общении с супругой. Да он и не любил ее по настоящему. Царь Петр, подчинившись матери, женился на восемнадцатилетней красавице (Евдокия Лопухина родилась 30 июня 1670 года), но это был не его выбор. Царица Евдокия была воспитана, как и положено, в старомосковском духе. Петр же чем дальше, тем больше проявлял враждебность ко многим обычаям и традициям предков. Он рано усвоил западнические привычки и уже в молодости стал перестраивать российское общество на европейский лад. В этом жена Евдокия была ему не помощница, и муж довольно скоро начал отдаляться от жены.

Но до разрыва еще дело не дошло. 4 августа 1689 года Петр I в измайловском дворце праздновал именины Евдокии. Буквально через три дня наступила развязка политической борьбы, которая обострялась уже в течение нескольких месяцев. В ночь с 7 на 8 августа фаворит царевны Софьи, Ф. Л. Шакловитый, послал в Преображенское, где находился Петр I с семьей, стрельцов, чтобы расправиться с главным оппонентом правительницы. Но Петра предупредили о нападении, и он, по одним сведениям, в спешке, бросив и мать, царицу Наталью Кирилловну, и беременную жену Евдокию, ускакал с несколькими провожатыми в Троице Сергиев монастырь. Французский дипломат де ла Невилль описывает события по другому. Он сообщает, что Петр уехал из Преображенского с семьей. При этом он уточняет, что Евдокия была очень «напугана» тем, что ей пришлось «бежать ночью полураздетой со своим мужем», и что «несколько дней спустя у нее случился выкидыш». Но француз, видимо, напутал. У испуганной Евдокии не могло быть выкидыша. Иначе бы она в феврале 1690 года не родила своего первенца.

1690 год вообще стал наиболее радостным и значимым для Евдокии. 18 февраля она родила сына, названного Алексеем. Событие это имело далеко идущие последствия. Во первых, Петр I обзавелся реальным наследником и не мог не испытывать при этом радости. Так, он приказал выдать по куску сукна «сахарного дела мастерам», которые «лили сахарные ковришки к столу для рождения царевича Алексея Петровича». Во вторых, его соправитель, Иван V, мог похвастаться лишь рождением дочерей. И даже если бы его жена, царица Прасковья Федоровна, позже подарила бы ему сына, то все равно преимущественные права на престолонаследие имел бы царевич Алексей. Царь Петр 4 августа присутствовал на именинах жены, которые праздновались в Преображенском. Конечно, хотя бы на людях, он должен был проявлять чувство благодарности к Евдокии, родившей ему наследника.

Царица Евдокия Федоровна постепенно обустраивала свое собственное жилище. Для нее делались из серебра, в технике «скани с припускными красками», зеркальная оправа и обивка ларца, на «кипарисной доске» был написан портрет царевича Алексея. Комнаты ее обивались «золотными» кожами, на окна и двери прикреплялись «завесы» из шерстяных и шелковых тканей, а шнурки у них изготавливались из шелка.