Уезжая в 1697 году в составе Великого посольства за границу, Петр I поручил дяде, Л. К. Нарышкину, уговорить Евдокию Федоровну отказаться от замужества и постричься в монахини. Евдокия не захотела подчиниться царскому приказу. К этому делу надлежало подключиться самому патриарху Адриану. Однако по закону церковь не могла развести Петра с женой. Ведь причины развода строго определены – супружеская неверность, бесплодие и явное психическое расстройство. Но ни в одной из них Евдокию нельзя было обвинить. Опираясь на мнение духовенства и многих бояр, патриарх не торопился исполнять прихоть царя Петра. Кроме того, видимо, рассчитывали на то, что Петр за границей охладеет к своей фаворитке и, вернувшись домой, не станет настаивать на разводе с супругой. Разумеется, во время отсутствия Петра Евдокия Федоровна пользовалась всеми преимуществами своего официального статуса царицы и матери наследника престола. Как пишет секретарь австрийского посольства Й. Корб, в 1698 году 29 апреля она наблюдала из окна терема торжественный въезд в Кремль этого посольства. На Пасху Евдокия вместе с царевичем Алексеем совершила торжественное паломничество в Троице Сергиев монастырь, а затем несколько раз была на официальных приемах у австрийского посла. 25 августа в Москву прибыл Петр I. Он не только не забыл Анну Монс, но и пришел в ярость, узнав, что Евдокия еще не монахиня. Вообще царь проявлял сильное недовольство, так как ему спешно пришлось вернуться в страну из важной для него заграничной поездки. Его настроение еще более ухудшилось оттого, что, по его мнению, розыск по известному стрелецкому делу 1698 года был проведен без должной тщательности. А тут еще Евдокия! По одним сведениям, он встретился с ней и говорил о постриге, а по другим – не пожелал этого и навестил только сына, царевича Алексея. Царь весь свой гнев обратил на патриарха. Адриан буквально умолял о пощаде и ссылался на отрицательное отношение к насильственному постригу царицы своего окружения и бояр. По приказу царя пятерых приближенных патриарха отвезли в тюрьму в Преображенское. На следующий день сестра Петра, царевна Наталья Алексеевна, буквально вырвала царевича из рук Евдокии Федоровны. Царицу же увезли в суздальский Покровский девичий монастырь, где она была пострижена в монахини под именем Елена. Русские современники осудили Петра, считая, что он сотворил беззаконие и произвол. Иностранцы также привыкли к другим взаимоотношениям в монарших семьях. В конце XVII века европейские государи своих нелюбимых жен в монастырь не отправляли, а довольствовались любовью фавориток.

Казалось, имя инокини Елены теперь будет известно только узкому кругу монахинь ее суздальской обители. Но через много лет о бывшей царице вспомнили снова. Поводом послужило дело царевича Алексея Петровича. Ее сын разошелся с отцом, Петром I, во взглядах на политику и будущность России. Алексей бежал, скрывался во владениях австрийского императора, но вынужден был вернуться. В 1718 году Петр I учинил розыск по делу царевича. К следствию были привлечены инокиня Елена и ее родственники. Евдокию – Елену подвергли пыткам, и она призналась, что вела переписку с сыном и его окружением. Но никаких политических преступлений за ней не значилось (правда, была открыта ее любовная связь с офицером С. Б. Глебовым). Да и понятно, Евдокия никогда политикой не занималась. Поэтому инокиню Елену из застенка выпустили, но отправили в другой монастырь, ладожский Успенский. Ее сын, царевич Алексей Петрович, был пытан и погиб в застенке. Из родственников жестокой казни подвергли брата бывшей царицы, Абрама Федоровича Лопухина, поскольку он входил в ближайшее окружение царевича.