Все началось с похода к Москве без приказа четырех московских стрелецких полков из под Великих Лук, где они находились на службе. В Москве в это время было неспокойно. Царь Петр в составе Великого посольства находился за границей. Ползли слухи один хлеще другого: царя Петра за границей «подменили» или царь Петр за границей «сгинул». В Москве говорили и о «чудных» делах в Кремле. Будто бояре хотели задушить царевича Алексея Петровича, но его спасли, переодев в чужое платье. Царицу Евдокию озлобленные бояре «били по щекам». Причем царевна Марфа оказалась чуть ли не душой заговора. Она якобы имела контакты с двигавшимися к столице стрельцами, торопила их и рассчитывала с их помощью совершить государственный переворот в пользу сестры Софьи. Общалась она со стрельцами через стрелецких жен («стрельчих»), а с сестрой Софьей – через свою постельницу Жукову, которую предупреждала, что если ее схватят власти, то будут пытать; себе царевна предрекала монастырь.

Что здесь правда, а что вымысел – понять трудно. Поскольку в основе лежат не только слухи, но и признания, полученные под пыткой или под угрозой насилия. После того как мятеж стрельцов был подавлен, а особенно с приездом Петра I из за границы велось весьма пристрастное следствие. В числе привлеченных и пытанных оказались и постельницы царевен Софьи и Марфы. Петр лично допрашивал обеих сестер. Так, Марфу он допрашивал дважды: 24 сентября и 8 октября. В первый раз Марфа (возможно, не обошлось без применения силы крутым сводным братом) призналась, что сообщала Софье, что стрельцы хотели посадить ее на трон. А в другой раз была проведена очная ставка царевны с оговорившей ее «с пытки» постельницей.

Вряд ли умный Петр верил, что Марфа могла быть одной из руководительниц возможного заговора, и, уж конечно, он не верил в то, что в некоторых «пыточных» речах утверждалось, что Марфу мятежники хотели выдать замуж за фаворита, некоего дьякона Ивана Гавриловича, которого наметили в «канцлеры». О связи Марфы Алексеевны с дьяконом упоминает австриец Й. Корб. Что ж, Марфу понять можно. Монахиней она пока не была, а хоронить себя заживо еще нестарая женщина не хотела. Вероятно, Марфа была затянута политическим водоворотом и захотела поспособствовать любимой сестре вернуть власть. Но непосредственно участвовать в заговоре она по своим личным качествам не могла. В противном случае не сносить бы ей головы! Да и был ли заговор? Во всяком случае, мятеж стрелецких полков был спонтанным. Его причиной явилось их бедственное положение и крайнее недовольство начальством.

Поскольку прямого участия в заговоре ни Софьи, ни Марфы доказано не было, Петр их оставил в живых. Обе сестры были пострижены в монахини. Марфа, в монашестве Маргарита, оказалась в женском Успенском монастыре, что в Александровой слободе (ныне город Александров). Сорокашестилетняя инокиня Маргарита была принята в монастыре с честью, как царская дочь. Ей сделали особую келью, точнее, под нее использовали царские хоромы, перенесенные с бывшего царского двора в слободе. Жилище нашей героини было построено из белого камня и крыто тесом. Причем Петр I не поскупился на содержание обеих сестер монахинь. Так, Маргарита получала ту же ежегодную сумму, что и до пострига: 2,6 тысячи рублей. Ей предоставлялась относительная свобода: никакого караула приставлено не было, лишь игуменье предписывалось надзирать за высокопоставленной монахиней. Более того, Маргарита сохранила в монастыре свой двор: штат боярынь, боярышень и женщин прислужниц.