Победа, казалось, была полной, но таила в себе будущую угрозу. Стрельцы хорошо запомнили, как Софья с Милославскими призывали их громить Нарышкиных, а затем она же их и наказала: нескольких «заводчиков» движения казнили вместе с Хованскими, а из наиболее активных составили четыре полка и послали их на службу в отдаленные города. Позже это «прозрение» стрельцов аукнется Софье. А пока правительница формировала свою «команду». Возглавить правительство она поручила своему фавориту, князю Василию Васильевичу Голицыну. Он вообще был обласкан необычайно. Стольких почетных званий не было ни у кого: «Царственные большие печати и государственных великих посольских дел сберегатель, ближний боярин, дворовый воевода и наместник Новгородский». В ходе борьбы со стрелецким восстанием в узкий круг приближенных Софьи вошел Федор Леонтьевич Шакловитый. Ему она вручила Стрелецкий приказ, то есть руководство и надзор за беспокойным стрелецким войском. Идеологом и историографом правления царевны стал ученик С. Полоцкого монах Сильвестр Медведев, высокообразованный писатель и поэт.

Однако политика политикой, но надо было думать и о быте. В ноябре 1682 года Кремль охватил сильный пожар. Стали строить новые хоромы. Софье пришлось какое то время жить с сестрами на «Потешном дворе» (в бывшем здании театра при царе Алексее Михайловиче). В 1683–1684 годах строились и отделывались новые терема. В апартаментах правительницы печи покрывались зеленой краской, известные живописцы – Салтанов и Без мин – расписали потолок столовой под звездное небо, а стены нескольких комнат были сплошь украшены живописными изображениями: распятия, несения креста на Голгофу, Иоанна Предтечи, Иакова – «брата Господня», Спасителя, Воскресения Христова, Тайной вечери, царей Давида и Соломона, апостолов, херувимов и т. д. Висели «парсуны» (портреты) отца и матери (царя Алексея Михайловича и царицы Марии Ильиничны), братьев (царей Федора, Ивана и Петра Алексеевичей и царевича Алексея Алексеевича), сестры (царевны Екатерины Алексеевны) и самой Софьи. Кроме того, одна из комнат была сплошь отделана дорогими коврами. Двери в апартаментах обивались сукном, а промежутки между окнами – персидским бархатом. В 80 е годы в помещениях царевны стояли: покрытые «полавочниками» длинные скамьи (а одна была «спальной»), дубовый стол «на польских ногах», кресла (одно обитое красным бархатом и атласом, другое – кожей, а третье – «разъемное», – отделанное и кожей, и бархатом), расписанные красками секретер и шкаф с выдвижными ящиками, шкатулки (одна «что письма кладут, и с чернильницей, и с ножики, и с ножницы, и с косточкою, чем письма оправливают», другая «уборная», оправленная серебром, с зеркалом и яшичками), серебряная коробочка «немецкая» для драгоценностей и т. д. Софье Алексеевне досталась и обширная библиотека брата царя Федора Алексеевича (около 300 томов), в которой содержались книги богослужебные и богословские, философские, исторические, географические, математические, медицинские, а также по языкознанию, военному делу и поэтические сборники на русском и латинском языках.