Этими ошибками воспользовался самозванец со своими уже многочисленными сторонниками. Они провели умелую агитацию в стоящем под Кромами царском войске, и оно присягнуло Лжедмитрию I. В Москву были отправлены два дворянина, которые сумели поднять горожан против Годуновых. I июня 1605 года стало последним днем их правления.

В течение этих тревожных дней Ксения могла только молиться и оплакивать горячо любимого отца. Выросшая в атмосфере родительской любви и материального богатства, она не знала, как бороться с противниками, как защищать свою жизнь. Поэтому, когда в царский дворец ворвались москвичи, она со смирением позволила отвезти себя на старый боярский двор. Аналогично вели себя и Федор с матерью. Даже многочисленные родственники, жившие в Кремле, не стали их защищать. Они тут же отправились в ставку Лжедмитрия в Туле, чтобы покаяться и дать клятву верности.

Ксения с матерью и братом также были готовы признать права на престол «прирожденного царевича». Ведь все убеждали их, что он – подлинный сын Ивана Грозного. Им даже пришлось забыть, что в ходе расследования патриарха Иова выяснилось, что «царевичем» назвался беглый чудовский монах Гришка Отрепьев.

Однако Лжедмитрию не нужны были возможные соперники. По его приказу в Москву были отправлены князья В. В. Голицын и В. М. Мосальский, которые должны были окончательно решить судьбу свергнутых правителей.

Тем временем в столице происходило невероятное. Восставшие москвичи начали с остервенением грабить опустевший царский дворец. В одном из подвалов они обнаружили восковую фигуру ангела, служившую моделью для отливки золотой скульптуры, которую царь Борис хотел использовать для украшения храма «Святая Святых» (он начал его строительство в Кремле, но закончить не успел). Никогда не виданная фигура так поразила горожан, что они решили, что аналогичная была похоронена вместо царя Бориса в Архангельском соборе. А сам царь, по их предположению, бежал в Англию.

Чтобы выяснить правду, народ бросился в собор и выволок царскую гробницу. Естественно, в ней оказались настоящие останки умершего государя. Тогда толпа решила, что цареубийце не место в Архангельском соборе, и с улюлюканием оттащила его за город в убогий Варсонофиевский монастырь. Такова была сила ненависти простых людей к первому выборному царю в истории Российского государства. Они были уверены, что на троне мог быть только «прирожденный государь», то есть царевич Дмитрий.

Вполне вероятно, что у Марии Григорьевны, Федора и Ксении была возможность спастись. Ведь не могли же все их приближенные сразу стать врагами? Кто то мог достать им простую одежду и тайно вывезти из Кремля. Далее им следовало бежать за границу, где у Бориса Годунова было много друзей. Но пленники ничего не стали предпринимать, надеясь на помощь Бога, а тот их оставил.

7 июня в покои бывшей царицы, царевича и царевны ворвались князья Голицын и Мосальский со стрельцами. Марию Григорьевну задушили первой. Федор, будучи от природы сильным, долго сопротивлялся, отбиваясь сразу от нескольких убийц. Но силы были неравными, и он пал, сраженный подло нанесенным ударом. От всего увиденного Ксения потеряла сознание, и ее, полумертвую, отвезли в дом Мосальского, поскольку, как потом оказалось, самозванец хотел насладиться ее красотой.

Москвичам убийцы сказали, что царица и царевич отравились, зная о неправдах царя Бориса. Поэтому, как самоубийц, их следовало похоронить без всяких почестей. Местом упокоения их бренных останков стал тот же Варсонофиевский монастырь, хотя, по сложившейся традиции, их гробницы должны были находиться в царской усыпальнице в Архангельском соборе.