Суд над Романовыми длился полгода. Вместе с многочисленными родственниками все они были признаны виновными в том, что собирались отравить царя Бориса и захватить престол. Оправданий Романовых никто не захотел слушать. Ведь цель разбирательства и состояла в том. чтобы окончательно расправиться с возможными соперниками Годуновых.

По боярскому приговору мужа Ксении Ивановны. как старшего из братьев, насильно постригли в монахи, чтобы он никогда не имел возможности претендовать на престол. С лета 1602 года Федор Никитич стал монахом Филаретом в далеком Антониево Сийском монастыре. Ему надлежало там жить под строгим надзором пристава и монахов и больше никаких контактов не иметь.

Насильно постригли под именем Марфа и Ксению Ивановну и сослали ее в Толвуйский погост в Заонежье. Жить ей предстояло в небольшой деревне под присмотром местного священника. Судьи не пощадили даже маленьких детей – Татьяну и Михаила отправили в Белозерскую тюрьму вместе с тетками Марфой и Анастасией и женой Александра.

Виновной сочли даже мать Ксении Ивановны, которую постригли в Никольский монастырь в Чебоксарах. При этом судьи вряд ли смогли бы внятно объяснить, в чем вина этой пожилой женщины, а также ее малолетних внуков. Для всех было очевидно одно – царь Борис пытается уничтожить весь род Романовых.

Самое жестокое наказание ожидало братьев Федора Никитича. Александра отправили в ссылку к Белому морю, где он очень быстро скончался по неизвестной причине, видимо, приставы попросту его убили. Михаила смерть настигла в земляной темнице в Ныробской волости около Перми. Его держали в обычной глубокой яме, едва прикрытой досками. Выжить в таких условиях в суровую зиму было попросту невозможно. Василия сослали в Пелым, и к месту заключения ему пришлось брести в тяжелых кандалах, которые так натерли ему ноги, что на них образовалась гангрена. В результате в феврале 1602 года он умер. Выжить удалось только Ивану, хотя он с детства страдал церебральным параличом. Возможно, приставы не решились создать для него нечеловеческие условия, поэтому он лишь тяжело заболел и по приказу царя был перевезен в Уфу. Там о нем стал заботиться племянник И. Б. Черкасский.

Ссылка самым роковым образом сказалась на жизни и здоровье родственников Романовых. Князь Б. К. Черкасский в тюрьме заболел камчугом (род проказы) и скончался. Вскоре эта же болезнь была обнаружена и у его жены, Марфы Никитичны. Князь И. В. Сицкий замерз по пути в Астрахань, куда был сослан; его жена Евфимия Никитична умерла от переживаний в монастыре.

У Ксении Ивановны от обрушившихся на нее бед и от разлуки с детьми и мужем начались нервные приступы, мучившие ее потом всю жизнь.

Следует отметить, что простые люди с большим сочувствием отнеслись к опальным. В Заонежье толвуйский священник Ермолай Герасимов и его жена ухаживали за ссыльной боярыней, передавали ей весточки от детей и мужа, хотя это и было строжайше запрещено. Но они понимали, что только добрые известия помогут Ксении – Марфе выжить в тяжелейших условиях.

Монахи Антониево Сийского монастыря сделали жизнь Филарета вполне сносной. У него была отдельная келья, при нем жил слуга, который доставлял ссыльному еду и обслуживал его. Запрещалось лишь посещать церковную службу, чтобы нс иметь контактов с посторонними. Царь Борис боялся. что Романовы с помощью своих сторонников организуют против него заговор, поэтому требовал, чтобы они были изолированы от внешнего мира. Однако, как показало время, все его усилия оказались тщетными.