Филарет был приглашен в Москву для венчания В. И. Шуйского на царство. Стали ходить слухи, что именно его новый царь намерен возвести в патриархи взамен свергнутого Игнатия, главного потаковника Лжедмитрия. Пока же Филарету поручили привезти из Углича останки настоящего царевича Дмитрия, чтобы ни у кого не было сомнений в том, что свергнутый «царь Дмитрий» – всего лишь ловкий обманщик.

Филарет успешно справился с возложенной миссией – мощи царевича были обнаружены нетленными, что являлось доказательством его святости. С большим почетом их доставили в Москву и установили для всеобщего обозрения в Архангельском соборе. Свое заключение, сделанное в 1591 году в ходе следствия в Угличе о том, что Дмитрий случайно закололся во время припадка эпилепсии, В. И. Шуйский предпочел забыть, поскольку самоубийцы считались большими грешниками и святыми быть не могли. Теперь он поддержал версию Нагих о том, что царевича зарезали наемные убийцы, подкупленные Б. Ф. Годуновым. Дмитрия объявили новым святым мучеником и прославили по всей стране. Царь Василий надеялся, что это остановит тех, кто собирался поддержать новую самозванческую авантюру уже Лжедмитрия II. Однако в расположенных западнее городах, когда то помогших Гришке Отрепьеву занять царский престол, многие были недовольны воцарением Шуйского и отказывались верить в святость последнего сына Ивана Грозного. Они были готовы сплотиться вокруг любого, кто бы начал борьбу с боярским царем.

Поэтому, когда летом 1606 года в Путивле появился бывший боевой холоп Иван Болотников, якобы от «царя Дмитрия», многие к нему примкнули и отправились завоевывать Москву.

Царь Василий оказался в сложном положении. Водя в Филарете соперника, он не стал возводить его в сан патриарха и вновь отправил в Ростов. Главой церкви по его рекомендации стал Казанский митрополит Гермоген, прославившийся разоблачением противоцерковных поступков Лжедмитрия I: несоблюдения постов, женитьбы на католичке и т. д. В отличие от Филарета Гермоген был из простого рода, старше царя и не имел связей среди московской знати, поэтому не мог посягать на его власть и популярность.

Но, обидев Филарета, В. И. Шуйский решил приблизить к себе его детей, жену и родственников. Татьяна вскоре стала женой одного из наиболее знатных князей Рюриковичей – И. М. Катырева Ростовского. Юный Михаил получил при дворе почетный чин стольника, а Ксения – Марфа после женитьбы царя на Марии Петровне Буйносовой Ростовской вошла в ее ближний круг. Иван Никитич не только остался в Боярской думе, но и часто назначался воеводой главных полков. Несмотря на плохое владение ногой и рукой, он выигрывал сражения с Болотниковым и его сподвижником Петрушей.

Осенью 1607 года после взятия Тулы и сдачи в плен Болотникова и Петруши все стали надеяться на близкую мирную и спокойную жизнь. Но лето 1608 года показало, что все ожидания напрасны: к столице подошла и осадила ее большая армия Лжедмитрия II. Сражаться с новым самозванцем у царя Василия Шуйского сил уже не было.

Ксения – Марфа поначалу стоически отнеслась к новому бедствию. Однако вскоре она узнала, что Ростов, где находился ее муж, захвачен и разграблен сторонниками самозванца. Сам митрополит был взят в плен и отвезен в ставку Лжедмитрия II в Тушино. Там, вольно или невольно, ему пришлось взять на себя функции патриарха, так как табор был провозглашен второй столицей со своим государем, Боярской думой, двором, правительством и главой церкви.

Судьба бывшего мужа очень беспокоила Ксению – Марфу, ведь в любой момент он мог погибнуть от рук поляков или пьяных казаков. Боялась она и того, что его возвышение в Тушине самым отрицательным образом скажется на положении при дворе ее самой и сына.