В Ярославле царь и его мать пробыли почти месяц. За это время к ним прибыло много представителей знати, воинских людей, дьяков и подьячих. Одни изъявляли желание служить только им, другие просили защиты от боярского произвола, третьи желали лично выразить верноподданнические чувства и предстать перед «светлыми очами» юного государя. В результате московское правительство буквально обезлюдело и с трудом справлялось с управленческими задачами. А Михаил отправлял в города новых воевод, рассылал сборщиков продовольствия и налогов и сумел даже помочь осажденному шведами Пскову. Каждый день приходили известия о том, что жители различных городов присягали ему.

Все это говорило о том, что страна готова служить первому Романову. Смутные времена и междоусобицы уходили в прошлое. Русские люди хотели мирной и спокойной жизни и возлагали большие надежды на юного царя Михаила, не запятнавшего себя связями ни с самозванцами, ни с поляками.

К середине апреля вокруг Михаила сплотилось несколько сотен человек, и теперь ему было не страшно въезжать в столицу. Поэтому 16 апреля все двинулись в путь, на этот раз – к Москве. Остановки делали лишь в Ростове, Переславле Залесском, Троице Сергиевом монастыре. Всюду новые государи посещали местные соборы, молились у гробов святых, почитали чудотворные иконы. В Троице Сергиевом монастыре архимандрит Дионисий вновь благословил монарха и окропил святой водой окружавших его лиц. После этого Михаил вместе с матерью долго молился у гроба Сергия Радонежского, прося у святого защиту и покровительство.

Наконец 2 мая новый государь торжественно въехал в столицу. Все жители радостно его приветствовали. Марфа Ивановна, как того требовал обычай, ехала в закрытой карете, обитой темной материей. Ей нельзя было участвовать во всевозможных празднествах. Но она и не стремилась к этому. Восхождение сына на российский престол вызывало у нее большую тревогу. Всюду чудились враги и недруги, и казалось, что верных и надежных людей очень мало. Поэтому свободное время Великая государыня проводила в молитвах и просила Бога охранять Михаила от всяческих бед и невзгод.

В келье Марфы Нагой Великая государыня прожила совсем недолго. Уже в декабре 1613 года ей построили малую избушку из бревен. Стены в ней были обиты темно вишневым сукном. 2 января отпраздновали новоселье, на которое Михаил Федорович подарил матери сорок соболей, стоивших 60 рублей. Со временем двери и оконца в избушке были для красоты обиты лазоревым сукном. В 1616 году к избушке пристроили новые помещения, и первая невеста царя, Мария Хлопова, подарила Марфе Ивановне две связки по сорок соболей.

На этом Великая государыня не прекратила строительные работы в монастыре. В 1617 году к главному собору был пристроен придел в честь Михаила Малеина, покровителя ее сына, затем придел в честь Федора, святого покровителя ее мужа. В 1624 году Марфа Ивановна переехала в более просторную избушку, имевшую шесть слюдяных окошек, изразцовую печь, окованные металлом двери и ставни. К избушке были пристроены сени, чулан и еще одна келья. Все здания соединялись с церковью Георгия, где старица любила молиться.

Поскольку у Михаила не было жены, все обязанности царицы легли на плечи его матери. Ей помогали Мария Юрьевна Головина и казначей Марья. Официально Марфа Ивановна для своих нужд могла брать деньги из казны, а также отдавать различные распоряжения. Многие просители это вскоре осознали и стали бить ей челом о своих нуждах.

Псковичи даже попытались преподнести ей подарки: серебряный кубок, 10 аршин вишневого атласа, 9 аршин шелка, 40 куниц и 30 золотых.