А. С. Матвеев был снят со всех постов. В чем его только не обвиняли! И в стремлении посадить на трон четырехлетнего Петра, и в желании перетянуть на свою сторону московских стрельцов, и в покушении на жизнь царя Федора Алексеевича, и в «чернокнижии» (колдовстве). Если бы у Милославских имелись доказательства, то Матвеев наверняка поплатился бы головой. Но всесильный фаворит царя Алексея отделался ссылкой. Отец Натальи Кирилловны, боярин Кирилл Полуэктович, даже не приглашался во дворец. Что же говорить о других Нарышкиных? Нелегко было и Наталье. Теперь ненависть падчериц к мачехе выплеснулась наружу. Сестры царя Федора, которыми верховодила самая умная и энергичная царевна Софья Алексеевна, склоняли брата к крутому обращению с мачехой. Но как ни зависел болезненный Федор Алексеевич от родных, все же не пошел на поводу у них до конца. Кроме того, он помнил, что был крестным отцом царевичу Петру, а по православной традиции крестный обязан опекать крестника вместо умершего отца. Конечно, значение Натальи Кирилловны при дворе умалилось, но не настолько, чтобы ее новое положение можно было сравнить со ссылкой.

Вдовствующая царица с детьми даже осталась в своем старом жилище. Рассказывали, что Милославские готовились ее выселить в новое помещение, но Наталья отказалась переезжать, а маленький царевич Петр даже ходил жаловаться к царю Федору Алексеевичу, и этот вопрос замяли. К 1681 году у Натальи деревянные хоромы были обновлены. На половики и обивку лавок пошло 40 аршин красного и зеленого сукна. У нее появился зеленый ларец. Отмечено, что царица пользовалась стеклянной посудой. За ней числилось: 50 различных стаканов, 10 кувшинов, 5 «братинок», 15 «сулеек», 10 «оловеничков» и пр. За Натальей Кирилловной также сохранили хоромы в царской резиденции в селе Измайлове.

Надо сказать, что крестный отец не забыл Петра. Царь Федор Алексеевич как то сказал Наталье Кирилловне, что настала пора царевичу Петру учиться. В наставники был определен дьяк Никита Моисеевич Зотов, чье соответствие посту преподавателя для царевича подтвердил сам Симеон Полоцкий – безусловный авторитет для государя. Царица Наталья велела Зотову начать обучение Петра на следующий день, то есть 12 марта 1677 года. (Заметим, что мальчику не было и пяти лет.)

Всевластие Милославских при дворе закончилось в 1679 году, когда вопреки желанию родни царь выбрал себе в жены Агафью Грушецкую, которая оказалась замешана в неприглядной интриге. Резко возросло политическое значение фаворитов царя Федора Алексеевича – Языкова и братьев Лихачевых. Второй брак царя с Марфой Апраксиной способствовал началу восстановления политического влияния Нарышкиных. Лидеру этой партии, А. С. Матвееву, изменили место ссылки на более достойное и близкое к Москве. Вероятно, царь Федор Алексеевич в последние месяцы жизни обдумывал возможность возведения на престол царевича Петра. Последнему шел десятый год, и крестному отцу этот здоровый и смышленый мальчик явно был симпатичен, он выгодно отличался от шестнадцатилетнего болезненного и недалекого царевича Ивана. Конечно, Милославские не желали воцарения Петра, конечно, они требовали объявить наследником престола Ивана. Слабеющий царь Федор находился между двух огней. Причем на Петра ставили не только Нарышкины, но и царские фавориты, когда поняли, что у Федора уже не будет потомства. В этой обстановке Наталья Кирилловна, естественно, воспрянула духом. Ведь ее мальчик рассматривался как реальный претендент на трон.

Царь Федор Алексеевич скончался 27 апреля 1682 года. На престол был посажен десятилетний Петр Алексеевич (Петр I), что явилось результатом соглашения фаворитов умершего царя Федора, И. М. Языкова, А. Т. и М. Т. Лихачевых, с партией Нарышкиных. Казалось бы, для Натальи Кирилловны наступили наилучшие времена: сын на престоле, родственники у руля управления государством. Но не тут то было! Нарышкины очень скоро не только потеряли власть, но часть из них была убита, а часть подверглась опале.